A região de Mucugê era parcialmente ocupada desde o início do século XIX por fazendeiros que mantinham criação de gado. Depois chegaram exploradores ávidos por jazidas de ouro e diamantes. Em 1844, foi fundada a povoação de Mucugê do Paraguaçu. É uma referência ao Rio Mucugê que, por sua vez, tem seu nome oriundo de uma fruta local.
A exploração do diamante entra em crise na década de 1870, obrigando a região a buscar atividades alternativas. A criação de gado se torna a principal fonte de renda local, assim como o cultivo de café e cereais. O nome foi mudado para Freguesia de São João do Paraguaçu em 1890 e para Mucugê em 1917.
A primeira metade do século XX trouxe decadência econômica para a região, que registrou um enorme êxodo populacional. A solução imediata foi a exploração dos campos de sempre-viva, planta que tem cerca de 400 variações nos campos rupestres da região. Exportada em grandes quantidades para Europa como artigo de decoração, chegou a estar ameaçada de extinção. A fauna da região também foi prejudicada pela caça indevida.
No decorrer de sua história, Mucugê teve seu território desmembrado para formar os municípios de Maracás (1855), Lençóis (1856), Brejo Grande (atual Ituaçu), Andaraí (1884), Barra da Estiva (1890) e Ibicoara (1962).

Elevado à categoria de vila com a denominação de Santa Isabel do Paraguassu, pela Lei Provincial n.º 271, de 17-05-1847, desmembrado de Minas do Rio de Contas mais tarde (Rio de Contas). Sede na antiga povoação de Mucugê da Chapada Diamantina. Constituído do distrito sede. Instalado em 07-02-1848.
Elevado à condição de cidade com a denominação de São João do Paraguassu, pelo ato de 8 ou 02-10-1890.
Pela Lei Municipal de 07-01-1891, confirmado pela Lei Municipal n.º 15, de 07-08-1891, foram criados os distritos de Cascavel, Guiné e João Correia e anexados ao município de São João do Paraguassu.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 4 distritos: São João do Paraguassu, Cascavel, Guiné e João Correia.
Pela Lei Estadual n.º 1226, de 23-08-1917, o município de São João do Paraguassu tomou a denominação de Mucugê.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920, o município é constituído de 4 distritos: Mucugê (ex-São João do Paraguassu), Cascavel, Guiné e João Correia.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto Estadual n.º 11089, de 30-11-1938, o distrito de Cascavel tomou o nome de Igarassu.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 4 distritos: Mucugê, Guiné, Igarassu (ex-Cascavel) e João Correia.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, retificado pelo Decreto Estadual n.º 12978, de 01-06-1944, o distrito de Igarassu passou a chamar-se Ibicoara.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 4 distritos: Mucugê, Guiné, Ibicoara (ex-Igarassu) e João Correia.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 1740, de 20-07-1962, desmembra do município Mucugê o distrito de Ibiocara. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: Mucugê, Guiné e João Correia.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.