De acordo com antigos mapas da região do atual município de Muçum datados de 1870, 1878 e 1880, as terras dessa área eram, em sua maior parte, de propriedade de Eduardo Palassin Guinle; do coronel José Francisco dos Santos Pinto; dos irmãos Manoel, Francisco e Satur­nino Dutra e de Antônio Fialho de Vargas; havia ainda outras pequenas áreas devolutas, de propriedade do governo.
O nome Mussum, grafado com “ss”, aparece escrito em um relatório elaborado em 1862 pelo capitão Antônio Augusto Arruda, do Exército Nacional; o engenheiro militar efetuava então um completo levantamento das cachoeiras existentes no Rio Taquari, desde o Porto de Estrela até o povoado de Santa Bárbara, na foz do Rio Carreiro. No relatório, encaminhado ao governador do estado, o nome Mussum designava uma cachoeira formada por uma aglomeração de cascalho, que se tornava uma corredeira quando o rio atingia maior volume de águas. Os corajosos navegadores que se aventuraram com seus barcos pelas correntezas do Rio Taquari, desde remotas épocas, já conheciam a cachoeira, localizada onde hoje se encontra o município; ali abundava o peixe também chamado muçum, que ainda é encon­trado ali. Mais tarde, exploradores de erva-mate e pinhão, marinheiros, viajantes e os próprios povoado­res que se instalaram nas barrancas do Rio Taquari usavam o designativo Mus­sum para indicar, além da cachoeira, o porto e o incipiente povoado.
Em 1905, era criado, no recém-estabelecido município de Guaporé, o distrito de General Osório, do qual fazia parte a localidade conhecida como Mussum. Ainda que a denominação General Osório tenha sido oficializada, o nome primitivo não deixou de ser usado, nem cotidianamente, pelos moradores, vizinhos e viajantes, nem mesmo nos documentos oficiais emitidos pela prefeitura de Guaporé, que comumente empregava as duas designações em simultâneo: “General Osório” seguido de “Mussum” entre parênteses, ou vice-versa. Em 1938, por força de legislação estadual, o povoado de General Osório foi elevado à categoria de vila e teve seu nome oficial alterado para Mus­sum. Essa grafia perdurou até a emancipação do município, em 1959, quando a denominação Muçum, com “ç”, foi fixada.

Distrito criado com a denominação de General Osório (ex-povoado) pelo Ato Munici­pal nº 13, de 02/02/1905, ou pelo Ato Municipal nº 3, de 20/01/1905, subordinado ao municí­pio de Guaporé.
Pelo Decreto Estadual nº 7.199, de 31/03/1938, o distrito de General Osório passa a denominar-se Mussum.
Com a denominação de Muçum, o distrito é desmembrado de Guaporé e elevado à ca­tegoria de município pela Lei Estadual nº 3.729, de 18/02/1959. O município é instalado em 31/05/1959, constituído de dois distritos: Muçum e Vespasiano Corrêa, ambos desmembrados de Guaporé.
Pela Lei Estadual nº 10.663, de 28/12/1995, o distrito de Vespasiano Corrêa é des­membrado de Muçum e elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído do distrito-sede.
Assim permanece em divisão territorial datada de 2020.