Primitivamente conhecida como Raia da Capoeira, a área que hoje ocupa Muitos Capões fazia parte do município de Vacaria. A Capela de Santo Antônio dos Mui­tos Capões foi inaugurada no dia 13 de junho de 1901, pelo padre Mário Deluy, promotor da iniciativa da sua construção. O terreno para a capela, praça e povoado foi doado pelo fazendeiro Manuel Martins de Barros e por sua esposa, Polidora Barros. No mesmo ano de 1901, foi construída no início da raia uma casinha onde funcionou a 15ª Escola Pública de Vacaria, que teve como regente o professor José Rodrigues Padilha. Em 1936, tendo à frente da comissão Ramiro Hoffmann Godinho e Pedro Guagnini, seria construída uma nova capela, que serviu para o culto até 1960, quando foi inaugurado o templo de alvenaria. Desde alguns anos, residem na vila as Irmãs de São José, que lecionam no Ginásio Santo Antônio, inaugurado em 1968, e auxiliam no culto religioso, atendido pelos padres da Paróquia da Catedral.
O distrito de Muitos Capões, criado em janeiro de 1909 e suprimido em junho desse mesmo ano, foi recriado pela Lei nº 52 em 18/10/1917; nesse ano foi criado o ofício distrital, com Claro João Pereira como seu primeiro escrivão. Em 1918, entrava em Muitos Capões o primeiro automóvel, de propriedade do comerciante Narciso Mac­cari. Graças à rodovia BR-285 e ao Ginásio Santo Antônio, o progresso de Muitos Capões destacava-se na região.
Em 1939, Muitos Capões inaugurava a primeira usina hidrelétrica do município, com gran­des festejos, missa campal celebrada por D. Cândido Bampi, discurso do prefeito Sátiro Dorneles de Oliveira Filho e presença de outras autoridades municipais. A usina de 18 quilowatts estava instalada no arroio da fazenda de Raimundo Nery dos Santos, a 1.300 me­tros da então vila. Em 1978, a vila passou a receber energia elétrica da Companhia Estadual de Energia Elétrica (CEEE).
O Clube União Capoense é há décadas o local onde se realizam as reuniões sociais. Destruído por um incêndio em 1976, o prédio foi substituído por um novo, de alvenaria. Em 1977, o estado encampou o Ginásio Santo Antô­nio, que vinha sendo mantido pela comunidade, e o Grupo Escolar Dom Frei Vital de Oliveira, que funcionava no antigo prédio, passou a ser integrado ao Ginásio Santo Antônio.
Uma reunião realizada no Clube União Capoense em março de 1993, inicialmente convocada para tratar da ampliação das linhas telefônicas e da formação da Associação de Moradores de Muitos Capões, deu origem ao projeto de emancipação da vila. A proposta teve eco nos moradores das localidades que faziam parte do distrito, e foi aos poucos se concretizando, por meio de diversas reuniões. Muitos Capões conquistaria sua independência político-administrativa em 1995, por meio da Lei Estadual nº 10.651. O município emancipado escreve uma nova história, que passa pela construção de uma identidade cultural própria. Desde 1998, Muitos Capões realiza a Festa do Pinhão, com o duplo objetivo de fortalecer economicamente o município e de proporcionar lazer à comunidade capoense e aos visitantes.

Distrito criado com a denominação de Muitos Capões por Ato Municipal de 13/01/1909, no município de Vacaria.
Pelo Ato Municipal nº 11, de 30/06/1909, o distrito de Muitos Capões é suprimido.
Pela Lei nº 52, de 18/10/1917, o distrito é restaurado.
Desmembrado de Vacaria, Lagoa Vermelha e Esmeralda, Muitos Capões é elevado à categoria de município pela Lei Estadual nº 10.651, de 28/12/1995. O município é instalado em 1º/01/1997, constituído do distrito-sede.
Pela Lei Municipal nº 35, de 29/07/1997, são criados os distritos de Bom Retiro, Ca­pão Grande, Encruzilhada São Sebastião, Fazenda Laranjeiras, Morro Grande, Santa Rita, Várzea dos Antunes e Vila Ituim e anexados ao município de Muitos Capões.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de nove distritos: Muitos Capões, Bom Retiro, Capão Grande, Encruzilhada São Sebastião, Fazenda Laranjei­ras, Morro Grande, Santa Rita, Várzea dos Antunes e Vila Ituim.
Assim permanece em divisão territorial datada de 2020.