A região que hoje compreende o município foi habitada, primitivamente, pelos índios puris. A colonização do território fez-se pelo comércio de brancos com os indígenas. Em 1817, Constantino José Pinto, com 40 homens, comerciando ervas e raízes medicinais, estabeleceu contato com os índios; desceu pelo rio Pomba e atingiu o rio Muriaé, onde aportou, construindo seu abarracamento no mesmo lugar em que existe, na atual cidade, o Largo do Rosário. As trocas vantajosas então realizadas fizeram-no pensar em erguer no local uma povoação. Houve, porém, desentendimento entre um dos seus homens e um dos chefes da tribo; e Constantino, temendo um ataque dos selvagens, obteve reforço comandado pelo sargento João do Monte, sob cuja proteção construiu as primeiras habitações, formando uma aglomeração primitiva. Sete anos depois foi autorizada a edificação de uma capela, tendo sido seu primeiro capelão o padre Joaquim Teixeira se Siqueira.
O distrito foi criado em 1841, com o nome de São Paulo de Muriaé. Foi elevado à vila em 1855. A sede municipal foi transferida, em 1859, para a povoação de Patrocínio do Muriaé, nome sob o qual permaneceu até 1861, quando novamente foi transferida para São Paulo do Muriaé, verificando-se a nova instalação nessa data. A criação da comarca ocorreu de 1865.
Em 1911 foi mudada para Muriaé a denominação do município.

Distrito criado, com a denominação de São Paulo do Muriaé, pela Lei Provincial n.º 605, de 21-05-1852, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, subordinado ao município de Rio Branco.
Elevado à categoria de vila com a denominação de São Paulo do Muriaé, pela Lei Provincial n.º 724, de 16-05-1855, sendo desmembrado de Rio Branco e tendo como sede a povoação de São Paulo do Muriaé. Então constituído de 2 distritos: São Paulo do Muriaé e Nossa Senhora da Glória. Instalado em 30-11-1861.
Pela Lei Provincial n.º 903, de 08-06-1858, é criado o distrito de Patrocínio do Muriaé e anexado ao município de São Paulo do Muriaé.
Pela Lei Provincial n.º 1.045, de 06-07-1859, é transferida a sede do município da povoação de São Paulo do Muriaé para a de Patrocínio do Muriáe.
Pela Lei Provincial n.º 1.089, de 07-10-1860, a sede do município volta a denominar-se São Paulo do Muriaé.
Elevado à condição de cidade com a denominação de São Paulo do Muriaé, pela Lei Provincial n.º 12.57, de 25-10-1865.
Pela Lei Provincial n.º 2.689, de 30-11-1873, é criado o distrito de Boa Família e anexado ao município de São Paulo do Muriaé.
Pela Lei Provincial n.º 2.085, de 24-09-1874, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de Dores da Vitória e anexado ao município de São Paulo do Muriaé.
Pela Lei Provincial n.º 2.223, 13-06-1876, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de Rosário da Limeira e anexado ao município de São Paulo do Muriaé.
Pela Lei Provincial n.º 2.905, de 23-09-1882, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de Santa Rita do Glória e anexado ao município de São Paulo do Muriaé.
Pela Lei Provincial n.º 3.442, de 28-09-1887, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de Bom Jesus da Cachoeira Alegre e anexado ao município de São Paulo do Muriaé.
Pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de Santo Antônio do Glória e anexado ao município de São Paulo do Muriaé.
Pela Lei Estadual n.º 556, de 30-08-1911, o município de São Paulo do Muriaé passou a denominar-se simplesmente Muriaé.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município já denominado Muriaé é constituído de 9 distritos: Muriaé, Boa Família, Bom Jesus da Cachoeira Alegre, Dores da Vitória, Patrocínio do Muriaé, Nossa Senhora do Glória, Rosário da Limeira, Santa Rita do Glória e Santo Antônio do Glória.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920 o município é constituído de 9 distritos: Muriaé, Bom Jesus da Cachoeira Alegre, Dores da Vitória, Nossa Senhora do Glória, Patrocínio do Muriaé, Rosário da Limeira, Santa Rita do Glória, Santo Antônio do Glória e São Francisco da Boa Família.
Pela Lei Estadual n.º 843, de 07-09-1923, é desmembrado do município de Muriaé o distrito de Dores da Vitória, para constituir o novo município de Mirai. Pela mesma Lei é criado o distrito de Pirapanema, com território desmembrado do distrito de Rosário da Limeira, e anexado ao município de Muriaé.
Pela Lei Estadual n.º 981, de 17-09-1927, o distrito de Nossa Senhora da Glória tomou a denominação de Itamuri.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município é constituído de 9 distritos: Muriaé, Bom Jesus da Cachoeira Alegre, Itamuri, Patrocínio do Muriaé, Pirapanema, Rosário de Limeira, Santa Rita do Glória, Santo Antônio do Glória e São Francisco da Boa Família. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual nº 147, de 17-12-1938, são desmembrados do município de Muriaé os distritos de Santa Rita do Glória e Santo Antônio do Glória, para constituírem o novo município de Glória, tendo o distrito de São Francisco da Boa Família tomado o nome de Boa Família.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído de 7 distritos: Muriaé, Boa Família, Bom Jesus da Cachoeira Alegre, Itamuri, Patrocínio do Muriaé, Pirapanema e Rosário de Limeira.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.058, de 31-12-1943, é criado o distrito de Belisário, com terras desmembradas do distrito de Rosário da Limeira, e anexado ao município de Muriaé. Pelo mesmo Decreto, o distrito de Bom Jesus da Cachoeira Alegre passou a chamar-se Bom Jesus da Cachoeira.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948 o município é constituído de 8 distritos: Muriaé, Belisário, Boa Família, Bom Jesus da Cachoeira, Itamuri, Patrocínio do Muriaé, Pirapanema, Rosário de Limeira. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Pela Lei n.º 1.039, de 12-12-1953, é desmembrado do município de Muriaé o distrito de Patrocínio do Muriaé, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído de 7 distritos: Muriaé, Belisário, Boa Família, Bom Jesus da Cachoeira, Itamuri, Pirapanema e Rosário da Limeira. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1971
Pela Lei Estadual n.º 6.769, de 13-05-1976, é criado o município de Vermelho e anexado ao município de Muriaé.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979 o município é constituído de 8 distritos: Muriaé, Belisário, Boa Família, Bom Jesus da Cachoeira, Itamuri, Pirapanema, Rosário da Limeira e Vermelho.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1993.
Pela Lei Estadual n.º 10.703, de 21-12-1995, é desmembrado do município de Muriaé o distrito de Rosário da Limeira, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 2001 o município é constituído de 7 distritos: Muriaé, Belisário, Boa Família, Bom Jesus da Cachoeira, Itamuri, Pirapanema e Vermelho. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.