Tudo começou com as Capitanias Hereditárias quando o Rei de Portugal Dom João III, em 1530, dividiu o Brasil em lotes. As terras que hoje compreendem ao Rio Grande do Norte couberam a João de Barros e Aires da Cunha. A primeira expedição portuguesa aconteceu cinco anos depois com o objetivo de colonizar as terras. Antes disso, os franceses já aportavam por aqui para contrabandear o pau-brasil. E esse foi o principal motivo do fracasso da primeira tentativa de colonização. Os índios potiguares ajudavam os franceses a combater os colonizadores, impedindo, a fixação dos portugueses em terras potiguares.
Passados 62 anos, em 25 de dezembro de 1597, uma nova expedição portuguesa, desta vez comandada por Mascarenhas Homem e Jerônimo de Albuquerque, chegou para expulsar os franceses e reconquistar a capitania. Como estratégia de defesa, contra o ataque dos índios e dos corsários franceses, doze dias depois os portugueses começam a construir um forte que foi chamado de Fortaleza dos Reis Magos, por ter sido iniciada no dia dos Santos Reis. O forte foi projetado pelo Padre Gaspar de Samperes, o mesmo arquiteto que projetou a Igreja Matriz de Nossa Senhora da Apresentação.
Concluído o forte, logo se formou um povoado que, segundo alguns historiadores, foi chamado de Cidade dos Reis. Depois, Cidade do Natal. O nome da cidade é explicado em duas versões: refere-se ao dia que a esquadra entrou na barra do Potengi ou a data da demarcação do sítio, realizada por Jerônimo de Albuquerque no dia 25 de dezembro de 1599.
Com o domínio holandês, em 1633, a rotina do povoado foi totalmente mudada. Durante 21 anos, o forte passou a se chamar Forte de Kenlen e Natal Nova Amsterdã. Com a saída dos holandeses, a cidade volta à normalidade. Nos primeiros 100 anos de sua existência, Natal apresentou crescimento lento. Porém, no final do século XIX, a cidade já possuía uma população de mais de 16 mil habitantes.

Distrito criado com a denominação de Natal, pela Lei Municipal n.º 92, de 30-04-1904.
Elevado à categoria de vila com a denominação Natal. Sede no atual distrito de Natal. Instalado em 25-12-1599.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece constituído de 3 distritos: Natal, Cidade Alta e Cidade Nova.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído do distrito sede. Não figurando os distritos de Cidade Alta e Cidade Nova.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pela Lei Estadual n.º 146, de 23-12-1948, é criado o distrito de Parnamirim e anexado ao município de Natal.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 2 distritos: Natal e Parnamirim.
Pela Lei Estadual n.º 53, de 21-12-1953, é criado o distrito de Redinha (ex-povoado) e anexado ao município de Natal.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 3 distritos: Natal, Parnamirim e Redinha.
Pela Lei Estadual n.º 2.325, de 17-12-1958, é desmembrado do município de Natal o distrito de Parnamirim. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Natal e Redinha.
Pela Lei Estadual n.º 2.987, de 03-12-1963, é criado o distrito de Igapó e anexado ao município de Natal.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: Natal, Igapó e Redinha.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VI-1995.
Em divisão territorial datada de 15-VII-1997, o município aparece constituído do distrito sede. Não figurando os distritos de Igapó e Redinha, pois os mesmos foram anexados ao distrito sede de Natal.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.