Fundada em 1952, emancipada em 11 de novembro de 1963, Naviraí, a conhecida cidade 'Ouro' do Conesul, é lembrada pela sua origem através do suor e trabalho de madeireiros, produtores rurais e comerciantes que desbravaram as grandes matas para dar origem a uma das mais belas e desenvolvidas cidades do centro-sul de Mato Grosso do sul.
O seu nome é derivado de uma palavra indígena que nomeava um rio na região, segundo a tradição, as palavras VIRÃ ( roxo/arroxado), Í (sufixo para pequeno), ĨVĨRA'Í (arbusto pequeno), NA (impregnar –se), I (rio), Arroyo, podem significar tanto: 'Pequeno rio impregnado de arbustos roxos', ou 'Rio impregnado de pequenas árvores arroxeadas'.
Fato é que com um grande número de espécie de árvores, Naviraí deu seus primeiros passos, ainda sem a identidade de município, graças às madeireiras que dali retiravam as madeiras mais qualificadas: Ipê, Peroba, Marfim, Cedro, etc. as demais eram utilizadas como lenha nas carvoarias da região. Não à toa, foi, durante muito tempo, conhecida como 'cidade da madeira'. Porém, com a chegada e o aumento do comércio, as madeireiras e serralherias foram perdendo espaços, e com o posterior crescimento da indústria na cidade e região, logo o município tinha como mais fortes características o comércio e a indústria, recuando a comercialização de madeiras.
Como o município estava em crescente expansão muitos comerciantes e moradores de outras cidades logo migraram para Naviraí, observando que ali o ambiente era muito favorável para o crescimento e desenvolvimento profissional e familiar. Atraindo outros profissionais de várias áreas, como professores, médicos e trabalhadores braçais, o município começava a ganhar corpo e criar sua identidade típica.
A cidade possui um grande número de cooperativas e indústrias: USINAVI (Açúcar e Álcool), COPASUL (Algodão, Soja, Milho), Bertin e Mercosul (Frigorífico), assim como muitas outras indústrias e empresas, divididas por diversas áreas, por exemplo: montagem de bicicletas, produção de suplementos naturais, indústria de café, erva mate, coalho. Atualmente a economia do município é forte na pecuária, cana-de-açúcar e lavoura branca: milho, soja, algodão, feijão, etc.
Alguns dos fatos ocorridos de maneira cronológica em Naviraí podem demonstrar melhor o desenvolvimento que esta cidade sofreu desde os primórdios de sua colonização. Em 1952 é criada a colonizadora Vera Cruz LTDA. Meados de abril aterriza o primeiro avião trazendo as primeiras pessoas. As primeiras famílias iniciaram a construção dos seus ranchos (sapê e tronco) onde hoje é o Rancho São Lucas.
Em 1956 as primeiras salas de aula são construídas. Em 1958 a cidade é elevada ao posto de distrito, tendo como primeiro escrivão Belirio Pereira de Souza e como subdelegado de polícia Antônio Augusto dos Santos. O Juiz de Paz responsável era José Cândido de Castro. Em 1963, o distrito de Naviraí passa então a emancipação político-administativo, se tornando um município. O projeto de criação do município foi do deputado federal Weimar G. Torres.

Distrito criado com a denominação de Naviraí, pela Lei Estadual n.º 1.195, de 22-12-1958, com terras desmembradas do distrito sede do município de Dourados, subordinado ao município de Caarapó.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o distrito de Naviraí figura no município de Dourados.
Elevado à categoria de município com a denominação de Naviraí pela Lei Estadual nº 1.944, de 11-11-1963, sendo desmembrado do município de Caarapó. Sede no atual distrito de Naviraí. Constituído do distrito sede. Instalado em 16-05-1965.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.