Até o ano de 1561, data em que o bispo D. Pedro Leitão fez a primeira visita pastoral ao interior da Bahia, nada se sabia sobre o povoamento da bacia do Jaguaripe.
Tem-se notícia de que, mais tarde, o padre Luís de Grã penetrou aquele rio, partindo da ilha de Itaparica e segundo ao longo da costa até o sul, onde fundou as aldeias de S. Miguel de Taperaguá e Macamamu.
Apesar de já existir a aldeia de Santo Antônio dos Índios de Jaguaripe, o povoamento da região só se iniciou, em 1563, com colonizadores portugueses. Entre os quais, Antônio Ribeiro (dono de sesmaria concedida por Mem de Sá), Gabriel Soares, Diogo Sande e Fernão Cabral de Ataíde.
Este, provavelmente o primeiro a penetrar no território do atual Município de Nazaré, estabeleceu, no local onde hoje está o bairro da Condição, um engenho, aldeando índios e negros em torno da igreja que construiu.
Por volta de 1585, era acentuado o desenvolvimento do núcleo populacional, graças à atividade de Fernão Cabral. Segundo frei Vicente do Salvador, a fama desse colonizador era tão grande que o governo de Manuel Teles de Menezes o encarregou do Engenho Jaciru, da defesa dos habitantes da Capitania do Ilhéus, invadida pêlos Aimorés.
Tendo permitido a prática da seita denominada santidade, foi Fernão Cabral condenado á sentença misericordiosa: 2 anos de desterro fora do Brasil. Supõe-se que este fato teria contribuído para a decadência da povoação.
Ao tempo em que o povoado da margem esquerda entrava em decadência, o da margem oposta crescia, em torno da igreja construída em 1649 por Antônio Brito em sua fazenda de Nazaré do Jaguaripe.
Fato curioso na história do Município é a designação que Ihe deram, em face do desenvolvimento de sua indústria agrícola de produção de farinha - Nazaré das Farinhas.

Distrito criado com a denominação de Nossa Senhora de Nazaré, em 1753.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Nossa Senhora de Nazaré, pelo Decreto de 25 de outubro de 1831, desmembrado do município de Jaguaribe. Sede na antiga povoação de Nazaré das Farinhas. Constituído do distrito. Instalado em 15-10-1832.
Elevado à categoria de município com a denominação de Nazaré, pela Lei Provincial n.º 368, de 10-11-1849.
Distrito criado coma denominação de Onha, pela Lei Estadual n.º 811, de 30-07-1910 e anexado ao município de Nazaré (ex-Nossa Senhora de Nazaré).
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 2 distritos: Nazaré e Onha.
Pelo Decreto Estadual n.º 8.468, de 02-06-1933, é criado o distrito de Rio Fundo e anexado ao município de Nazaré.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 3 distritos: Nazaré, Onha e Rio Fundo.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1938.
Pelo Decreto Estadual n.º 11.089, de 30-11-1938, o distrito de Rio Fundo tomou a denominação de Muniz Ferreira.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 3 distritos: Nazaré, Onha e Muniz Ferreira (ex-Rio Fundo).
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, Nazaré adquiriu o extinto território do município de Aratuípe, como simples distrito.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 5 distritos: Nazaré, Aratuipe, Maragogipinho, Muniz Ferreira (ex-Rio Fundo).
Pelo Decreto Estadual n.º 12.978, de 01-06-1944, desmembra do município de Nazaré os distritos de Aratuipe e Maragogipinho, para constituir novamente o município de Aratuipe.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 3 distritos: distritos: Nazaré, Onha e Muniz Ferreira.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 1.770, de 30-07-1962, desmembra do município de Nazaré os distritos Muniz Ferreira e Onha, para constituir o novo município de Muniz Ferreira.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.