Por ordem de Lucas Giraldes, donatário da Capitania de Ilhéus, João Andrade fundou, em 1565, na ilha atualmente denominada Velha Boipeba, a vila de Santo Antônio de Boipeba.
Construiu-se a capela do Divino Espírito Santo, elevada à freguesia em 1618, com o nome de Divino Espírito Santo de Boipeba.
Em 1810, em razão dos constantes ataques de índios, transferiu-se a sede para o povoado Jequié, com o nome de Nova Boipeba.
Em 1930, o topônimo foi alterado para Nilo Peçanha, em homenagem ao Dr. Nilo Peçanha, Presidente da República, no período de 1909 a 1910.

Distrito criado com a denominação de Nova Boipeba, pela Lei Provincial n.º 67, de 01-06-1838 e n.º 1.242, de 25-06-1872.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Nova Boipeba, em 19-12-1810. Instalada em 28-02-1811.
Pela Lei Provincial n.º 284, de 29-05-1847, a vila de Nova Boipeba foi é extinta, sendo seu território anexado ao município de Taperoa.
Distrito criado com a denominação de Nova Boipeba, pela Lei Provincial n.º 67, de 01-06-1838 e n.º 1242, de 25-06-1872.
Elevado à novamente à categoria de município com denominação de Nova Boipeba, pela Lei n.º 1.279, de 30-04-1873, desmembrada do município de Taperoa. Sede no antigo distrito de Nova Boipeba. Constituído do distrito sede. Reinstalada em 04-06-1874.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920.
Pelo Decreto Estadual n.º 7.149, de 24-12-1930, o município de Nova Boipeba tomou a denominação de Nilo Peçanha.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município já denominado Nilo Peçanha é constituído do distrito sede.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 2 distritos: Nilo Peçanha e Palmeiras.
Pelo Decreto Estadual n.º 11.089, 30-11-1938, o distrito de Palmeiras tomou a denominação de Indaiá.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 2 distritos: Nilo Peçanha e Indaiá (ex-Palmeiras).
Pela Lei Estadual n.º 1.728, de 19-07-1962, desmembra do município de Nilo Peçanha o distrito de Indaiá. Elevado à categoria de município com a denominação de Wenceslau Guimarães.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.