Foi fundada em 1735 por Manuel Rodrigues Tomar e Antônio de Sousa Bastos, que saíram do Arraial da Meia Ponte (atual Pirenópolis), para desbravar em buscas de riquezas no norte goiano. Primeiro, chegaram ao atual Trairás (também conhecido como Tupiraçaba), onde encontraram ouro de aluvial. Ali fundaram uma vila que perdurou por anos em grande desenvolvimento, chegou a ser uma das vilas mais desenvolvidas de Goiás, foi por um dia a capital do império brasileiro e até hoje possui construções históricas que precisam ser rapidamente restauradas.
Em 1755, funda-se o povoado de São José do Tocantins, distrito de Trairás, que cresce às margens do Rio Bacalhau (nome dado pela grande presença desse peixe), onde logo fundaram a igreja de São José, a popular Matriz.
Em 1903/1904, o geólogo brasileiro Freimund Heinrich Brockes à procura de minérios de valor comercial na região, encontrou amostras na Serra da Jacuba que depois de analisadas em laboratórios, mostrou ser de minério de níquel.
Em homenagem ao minério que lhe deu riqueza e fama, São José do Tocantins passa a se chamar Niquelândia.

Distrito criado com a denominação de São José do Tocantins, pelo Alvará, de 10-01-1755.
Elevado à categoria de vila com a denominação de São José do Tocantins, pela Resolução do Conselho do governo, em 01-04-1833, desmembrado do antigo município de Trairas. Sede na vila de São José do Tocantins. Constituído de 2 distritos: São José do Tocantins e Trairas, criado pela mesma Lei acima citada. Instalado em 23-07-1833.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece constituído de 3 distritos: São José do Tocantins, Mimoso e Trairas.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído de 4 distritos: São José do Tocantins, Mimoso, Muquém e Trairas.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-II-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.233, de 31-10-1938, o distrito de Mimoso é extinto, sendo seu território anexado ao distrito sede do município de São José do Tocantins.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município aparece constituído de 3 distritos: São José do Tocantins, Muquém e Trairas.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 8.305, de 31-12-1943, município de São José do Tocantins passou a denominar-se Niquelândia e o distrito de Traira a chamar-se Tupiraçaba.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 3 distritos: Niquelândia (ex-São José do Tocantins), Muquém e Tupiraçaba (ex-Trairas).
Pela Lei Estadual n.º 4, de 06-11-1951, é criado o distrito de Mimoso e anexado ao município de Niquelândia.
Pela Lei Municipal n.º 2, de 25-11-1952, o distrito de Muquém passou a denominar-se São Luís do Tocantins.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 4 distritos: Niquelândia, Mimoso, São Luís do Tocantins (ex-Muquém) e Tupiraçaba.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 7.196, de 12-11-1968, retificado pela Lei Estadual n.º 8.111, de 14-05-1976, é criado o distrito de Vila Taveira e anexado ao município Niquelândia.
Pela Lei Estadual n.º 8.004, de 26-11-1975, retificado pela Lei Estadual n.º 8.111, de 14-05-1976, o distrito de Mimoso deixa de pertencer ao município de Niquelândia para ser anexado ao município de Padre Bernardo.
Em divisão territorial datada de 1-VI-1979, o município é constituído de 4 distritos: Niquelândia, São Luiz do Tocantins, Tupiraçaba e Vila Taveira.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1983, o município é constituído de 4 distritos: Niquelândia, São Luiz do Tocantins, Tupiraçaba e Taveira (ex-Vila Taveira).
Em divisão territorial datada de 2001, o município aparece constituído de 4 distritos: Niquelândia, São Luiz do Tocantins, Tupiraçaba e Vila Taveira (ex-Taveira).
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2020.