Após a divisão do Brasil em Capitanias Hereditárias, as terras que hoje constituem o município de Nova Iguaçu ficaram por muito tempo relegadas a completo abandono. Foi depois de 1566 que se registrou na região a existência de sesmarias, as quais, com o correr dos anos, se foram modificando e concorrendo, desse modo, para a gradativa colonização dessa zona da Baixada Fluminense, em torno dos rios, especialmente do Iguaçu.
Com o aumento da população, surgiram várias freguesias, destacando-se a de Nossa Senhora da Piedade de Iguaçu - também conhecida como Nossa Senhora da Piedade do Caminho Velho -, cuja criação data de 1719.
A prosperidade agrícola da região vem dos tempos em que foram concedidas as primeiras sesmarias. Os cursos fluviais existentes, não só fertilizavam as terras, como também serviam de via de comunicação com a cidade do Rio de Janeiro, para onde se escoava a produção.
Situada à margem do rio Iguaçu, a sede da vila prosperou bastante, chegou a tornar-se um dos empórios da cidade do Rio de Janeiro, fazendo chegar seus produtos por via fluvial ou terrestre. O progresso da região levou o Governo a conceder-lhe autonomia, efetivada por Decreto de 15 de janeiro de 1833. A Vila instalou-se a 27 de julho do mesmo ano.
A decadência, que se verificou a partir da segunda metade do século XIX, na localidade de Iguaçu, decorreu, paradoxalmente, das inovações progressistas introduzidas no território fluminense.
Tão logo se iniciou o tráfego da Estrada de Ferro D. Pedro II, atual Central do Brasil, verificou-se o abandono da via fluvial, que determinou o desvio da zona da influência comercial e agrícola para as bordas orientais do município.
Com a realização das grandes obras de saneamento na Baixada Fluminense, o município voltou a progredir. Para esse ressurgimento, muito contribuíram as facilidades de comunicação com a Guanabara, dando rápido escoamento aos produtos agrícolas e valorizando extraordinariamente suas terras cultiváveis.

Elevado a categoria de vila com a denominação de Iguaçu, pelo Decreto de 15-01-1833, desmembrado dos termos de Niterói de Vassouras e Magé. Constituído de 6 distritos: Jacutinga, Queimados, Nossa Senhora da Piedade de Iguassu, Mereti, Palmeiras e Pilar. Instalado em 27-07-1833.
Pela Lei Provincial n.º 14, de 13-04-1835, a vila foi extinta.
Elevada novamente a categoria de vila com adenominação Iguaçu, pela Lei n.º 57 de 01-12-1836.
Pelo Decreto Provincial n.º 813, de 06-10-1855 e Decretos Estaduais n.º s 01, de 08-05-1892 e de 01-A, de 03-06-1892, é criado o distrito de Santana das Palmeiras e anexado a vila de Iguaçu.
Pelo Decreto Estadual n.º 204, de 01-05-1891, transferiu a sede do município de Iguaçu para a povoação de Maxambomba
Pelos Decretos Estaduais n.ºs 01 de 08-05-1892 e 01-A, de 03-06-1892, são criados os distritos de Piedade de Iguaçu, Queimados e São João de Meriti e anexados à vila de Maxambomba.
Elevado à condição de cidade e distrito com a denominação de Maxambomba, pelo Decreto Estadual n.º 263, de 19-06-1891 e Lei Estadual n.º 1.634, de 18-11-1919.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município se denomina Iguaçu e se compunha de 6 distritos: Jacutinga, Queimados, Nossa Senhora da Piedade de Iguassu (ex-Piedade de Iguaçu), São João de Meriti, Santana das Palmeiras e Pilar.
Pela Lei Estadual n.º 1.331, de 09-11-1916, a sede do município passou a denominar-se Nova Iguaçu.
Distrito criado com a denominação de São Mateus, pelas Leis Estaduais n.ºs 1.332, de 09-11-1916 e 1.634, de 18-11-1919 e anexado ao municípío de Nova Iguaçu.
Pela Lei Estadual n.º 1.528, de 25-11-1918, o distrito de Pilar passou a denominar-se Xerém.
Pela Lei Estadual n.º 1.634, de 18-11-1919, o distrito de Santana das Palmeiras passou a denominar-se Santa Branca, São João de Meriti a denominar-se Pavuna e Xerém para Estação João Pinto.
Pela Lei Estadual n.º 1.705, de 06-10-1921, o distrito de São Mateus passou a denominar-se Nilópolis.
Pela Lei Estadual n.º 1.799, de 08-01-1924, o distrito de Santa Branca passou a denominar-se Bonfim e Cava (ex-Nossa Senhora da Piedade de Iguaçu) a denominar-se Estação José Bulhões.
Pelo Decreto Estadual n.º 2.559, 14-03-1931, é criado o distrito de Caxias é anexado ao município de Iguaçu.
Pelo Decreto Estadual n.º 2.595, de 28-05-1931, o distrito de Estação João Pinto voltou a denominar-se Pilar.
Pelo Decreto Estadual n.º 2.601, de 28-05-1931, é criado o distrito de Estrela e anexado ao município de Iguaçu, distrito formado com parte do distrito de Pilar.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído 9 distritos: Nova Iguaçu, Bonfin (ex-Palmeiras), Caxias, Estação José Bulhões (ex-Nossa Senhora da Piedade de Iguassu e ex-Cava), Estrela, Nilópolis, Pilar (ex-Xerem e ex-Estação João Pinto), Queimados e São João de Meriti (ex-Meriti).
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 3 31-XII-1937. Só que o distrito de São João de Meriti se denomina simplesmente Meriti.
Pelo Decreto -Lei Estadual n.º 392-A, de 31-03-1938, altera a denominação de Iguaçu para Nova Iguaçu.
Pelo Decreto Estadual n.º 641, de 15-12-1938, é criado o distrito de Belford Roxo e anexado ao município de Nova Iguaçu. Sob o mesmo Decreto é extinto o distrito de Pilar, sendo seu territótirio anexado ao distrito de Estrela do mesmo município de Nova Iguaçu.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 9 distritos: Nova Iguaçu, Belford Roxo, Bonfim, Cava, Caxias, Estrela, Meriti, Nilópolis e Queimados.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.055, de 31-12-1943, confirmado pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.056, de 31-12-1943, desmembra do município de Nova Iguaçu os distritos de Caxias, Meriti, Bonfim e Imbariê (ex-Estrela) alterado pelas mesmas leis acima citadas, para formar o novo município com a denominação de Duque de Caxias.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 5 distritos: Nova Iguaçu, Belford Roxo, Cava, Nilópolis e Queimados.
Pela Lei Estadual n.º 6, de 11-08-1947, desmembra do município de Nova Iguaçu o distrito de Nilópolis. Elevado à categoria de cidade.
Pela Lei Estadual n.º 1472 de 28-04-1952, são criados os distritos de Mesquita e Japeri e anexados ao município de Nova Iguaçu.
Em divisão territorial datada de 1-Vll-1955, o município de Nova Iguaçu é constituído de 6 distritos: Nova Iguaçu, Belford Roxo, Cava, Japeri, Mesquita e Queimados.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 1.640, de 03-04-1990, desmembra do município de Nova Iguaçu o distrito de Belford Roxo. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 1.773, de 21-12-1990, desmembra de Nova Iguaçu, o distrito de Queimados. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 1.902, de 02-12-1991, desmembra do município de Nova Iguaçu, o distrito de Japeri. Elevado à categoria de município.
Em “Síntese” de 31-XII-1994, o município é constituído de 3 distritos: Nova Iguaçu, Cava e Mesquita.
Em divisão territorial datada de 15-VII-1997, o município é constituído do distrito de Sede.
Pela Lei Estadual n.º 3.253, de 25-09-1999, desmembra do município de Nova Iguaçu o distrito de Mesquita. Elevado á categoia de município.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.