Antes de ser colonizada a região era conhecida como 'Irmandade' e pertencia a Jorge Rachid Jaudy. Em 1966 um grupo de empresários paulistas capitaneados por José Aparecido Ribeiro, adquiriu uma extensa área de terras, de aproximadamente 169 mil hectares no município de Diamantino, constituindo a Mutum Agropecuária S/A. Conseguiram a aprovação junto a SUDAM do projeto de pecuária em área de 120 mil hectares, sendo 54 mil hectares de pastagens e 60 mil hectares para reservas florestais, restando 56 mil hectares para futuras ampliações. O projeto de pecuária consistia em cria, recria e engorda de bovinos, divididos em dois grandes núcleos: Arinos e Mutum. O projeto foi implantado definitivamente em 1981. Como a área era muito grande houve a ideia de gerar oportunidades para novos pioneiros, sendo desenvolvidos experimentos com arroz, milho e soja em 1974.
A empresa destacou então 100 mil hectares para a colonização, implantando as duas primeiras etapas (hoje constituídas pelas comunidades de Santo Antônio, São Carlos e Nova Esperança). Foi o colonizador Alaor Zancanaro que alertou o Dr. Ribeiro para a necessidade de colonizar uma área de suas terras, pois diversas colonizadoras estavam iniciando a comercialização de terras em várias regiões do Estado. As fazendas Ranchão e Uirapuru já tinham sido iniciadas por Alcindo Uggeri e José Maria Nogueira respectivamente, já no início da década de 70. Vicente Paulino Barreiros foi o primeiro gerente da Fazenda Uirapuru, tendo chega na região em 1971. Era o início da febre da conquista do Centro-Oeste e da última fronteira agrícola do país. Praticamente na mesma época da colonização de Mutum estavam sendo colonizadas para pequenos e médios agricultores outras regiões, tais como, São Manuel, Pacoval, Trivelato, Lucas do Rio Verde, Tapurah, Ranchão etc. Os tamanhos dos lotes vendidos variavam conforme a disponibilidade financeira dos compradores, em geral ficando entre 150 e 400 hectares.
A firma Eldorado de Porto Alegre ficou responsável em dimensionar a parte prática do projeto. O agrônomo gaúcho Luiz Carlos Ferreira Bernardes foi o responsável pela elaboração do projeto que criou a colonização de Nova Mutum em 1977 a convite do Dr. Ribeiro. Luiz Carlos era diretor da empresa Esplanid LTDA - Escritório de Planejamento de Irrigação e Drenagem. A colonizadora construiu logo no início 10 casas e a matriz da colonizadora numa vila aberta provisoriamente por trator de esteira. Em seguida uma escola e um centro comunitário, posto de saúde, um alojamento para abrigar os compradores de terra e uma hidroelétrica para a energia inicial. Foi construído uma infraestrutura básica para que o essencial pudesse funcionar. Para o centro urbano foram reservados 551 hectares.
Quem adquirisse um lote rural, recebia de bonificação dois terrenos urbanos. Como a infraestrutura de construção não funcionava por si só, foram contratadas assim as pessoas para administrar essa infraestrutura básica. Assim veio o primeiro médico, Dr. Kazan e a primeira enfermeira, Doroti Chagas. Primitivo Cury colocou o primeiro mercado, posteriormente vendido ao Sr. Francisco Saito, no mesmo local do atual Supermercado Saito. A primeira rodoviária funcionava no centro comunitário alugado por Reinaldo Baldissera, local este onde hoje encontra-se a Biblioteca Pública Municipal. A primeira Mercearia ficou por conta de Roberto Faccio.
Como não havia energia, as poucas máquinas eram tocadas com um motorzinho. O mesmo Roberto, alguns anos mais tarde, colocou uma vidraçaria e uma livraria, comércio que ainda hoje a família toca, no centro da cidade. Valdemar Filipe instalou o primeiro pica-pau (serraria) na região, cerrando madeira para as construções que iam surgindo no povoado e fazendas. A primeira criança nascida em Nova Mutum recebeu o nome de Darci Melha. Essa criança faleceu logo após o nascimento. Abriram uma clareira no cerrado no local destinado para ser o futuro cemitério com o trator de Ovídio Girardello. Abriram uma cova rasa e ali foi enterrado Darci.
A primeira pessoa adulta a falecer e ser enterrada no mesmo 'futuro cemitério' foi Carolina Machado Tararão Costa, esposa de Egídio Tararão, no dia 14 de fevereiro de 1982.Os primeiros cinco agricultores a assinaram o contrato de compra de terra foram os seguintes: Almiro Kogler, no dia 06 de junho de 1978; Anselmo Sand, no dia 06 de junho de 1978; Alcides Cerrati, no dia 09 de junho de 1978; Reinaldo Baldissera, no dia 13 de junho de 1978 e Antônio Darold, no dia 19 de junho de 1978. Os primeiros agricultores a ocuparem suas terras foram Antônio Darold e filhos e Alfredo Horn, em Santo Antônio. Seus lotes estavam situados em frente à fazenda Mata Azul, onde até hoje moram.Em seguida, outros imigrantes foram chegando, todos se estabelecendo em Santo Antônio e Nova Esperança (1ª etapa). Entre eles, citam-se os irmãos Class, Valter Becker, Valdemar Casagrande, Pirajá, Backes, Francisco Pinardi de Moraes, Vilmar Capelari. Num segundo momento vieram os irmãos Bonini, Aroldo Belló, Zilmar Tecchio, a família Comin, Inácio Faccio, Zelito Faccio, Pedro Faccio, Roberto Faccio, Aldo Oro, Egídio Beckenkamp, Lauro Dalla Costa etc. Nem todos os compradores de lotes os ocupavam imediatamente. Ia chegando de acordo com suas possibilidades e acerto na venda de suas posses no sul do país. Todos os primeiros moradores da região vieram do Rio Grande do Sul e Santa Catarina, tendo sido praticamente todos pequenos mini-fundiários no oeste dos dois Estados.

Distrito criado com a denominação de Nova Mutum (ex-povoado), pela Lei Estadual n.º 4.408, de 26-11-1981, subordinado ao município de Diamantino.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1983, o distrito de Nova Mutum figura no município de Diamantino.
Elevado à categoria de município com a denominação de Nova Mutum, pela Lei Estadual n.º 5.321, de 04-07-1988, desmembrado do município de Diamantino. Sede no antigo distrito de Nova Mutum. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1989.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.
Em divisão territorial datada de 2015, o município é constituído de 2 distritos: Nova Mutum e Ranchão.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2022.