A aldeia de Paiacus, posteriormente denominada Monte-Mar-O-Velho, foi o núcleo formador do município de Guarany, hoje Pacajus.
Em 1696, após trinta anos de conflitos com os capitães-mores, dirigentes da capitania do Siará Grande, auxiliados por tropas paulistas comandadas por mestres de campo especializados em guerrilhas com os nossos aborígines, foram os Paiacus aldeados pelo Padre João da Costa, da congregação de S. Filipe Neri, no lugar denominado de Aldeia de Nossa Senhora da Madre de Deus – Aldeia dos Paiacus, situada às margens do Rio Choró – núcleo da hoje cidade de Pacajus, onde tiveram uma légua de terra demarcada em 1707, pelo já citado desembargador Soares Reimão.
No centro da légua de terra doada para os índios Paiacus em 1707, construíram eles, em 1865, uma igreja de paredes de taipa e caibros de carnaúba, ainda hoje existente, apesar de bastante descaracterizada, formando em redor da mesma um casario de beira-e-bico, o que motivou a criação do município com em 1890.
A denominação de Pacajus veio em 1943.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Guarani pelo Decreto Estadual n.º 63, de 09-09-1890, sendo desmembrado de Aquiraz. Sede no núcleo de Monte Mor. Instalado em 29-10-1890.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 a vila é constituída do distrito sede.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de I-IX-1920, o município aparece constituído de 6 distritos: Guarani, Lagoa das Pedras, Carnaubal, Aningas, Mundo Novo e Mangabeira.
Pela Lei n.º 1.704, de 09-10-1920, é extinto o município, sendo seu território anexado ao município de Aquiraz.
Elevado novamente à categoria de município com a mesma denominação, pela Lei n.º 2.604, de 26-09-1928.
Extinto novamente pelo Decreto Estadual n.º 193, de 20-05-1931, sendo seu território anexado ao município de Pacatuba, como simples distrito.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, Guarani é distrito de Pacatuba.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Guarani pelo Decreto Estadual n.º 1.591, de 23-05-1935, sendo desmembrado de Pacatuba, Aquiral e Redenção. Sede no antigo distrito de Guarani. Constituído de 4 distritos: Guarani, Currais Velhos, Lagoa das Pedras e Olho D`Água.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937 o município é constituído de 4 distritos: Guarani, Currais Velhos, Lagoa das Pedras e Olho D`Água.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 448, de 20-12-1938, o distrito de Currais Velhos passou a denominar-se Chorozinho, Lagoa das Pedras passou a denominar-se Itaipaba e Olho D`Água passou a denominar-se Horizonte.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943 o município é constituído de 4 distritos: Chorozinho, Itaipaba e Horizonte.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.114, de 30-12-1943, o município de Guarani passou a denominar-se Pacajús.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 4 distritos: Pacajús, Chorozinho, Horizonte e Itaipaba. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
A Lei Estadual n.º 6.436, de 17-07-1963, desmembra do município de Pacajús o distrito de Chorozinho, elevado à categoria de município.
A Lei Estadual n.º 6.798, de 21-11-1963, desmembra do município de Pacajús o distrito de Horizonte, elevado à categoria de município.
A Lei Estadual n.º 6.946, de 19-12-1963, desmembra do município de Pacajús o distrito de Itaipaba, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963 o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 8.339, de 14-12-1965, foram extintos os municípios de Chorozinho, Horizonte e Itaipaba, sendo seus territórios anexados ao município de Pacajús, como simples distritos. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 18-VIII-1988.
A Lei Estadual n.º 11.305, de 13-03-1987, desmembra do município de Pacajús o distrito de Chorozinho, elevado à categoria de município.
A Lei Estadual n.º 11.300, de 06-03-1987, retificada pelas Leis Estaduais n.º 11.321, de 22-05-1987, e n.º 11.451, de 1988, desmembra do município de Pacajús o distrito de Horizonte, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1991 o município é constituído de 2 distritos: Pacajús e Itaipaba.
Pela Lei Municipal n.º 44, de 11-11-1992, é criado o distrito de Pascoal e anexado ao município de Pacajús.
Em divisão territorial datada de 1995 o município é constituído de 3 distritos: Pacajús e Itaipaba e Pascoal. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.