A ocupação do território municipal de Padre Bernardo teve início no século passado com o estabelecimento das primeiras fazendas de criação de gado às margens do Rio Maranhão e seus tributários mais importantes, onde se localizam pastagens de boa qualidade.
Com o decorrer dos anos surgiram outros fatores responsáveis pelo crescimento econômico demográfico da região. Ao aumento natural dos rebanhos associava-se, de modo paralelo e consequente, a ocorrência de picadas, que levaram ao surgimento das pousadas dos vaqueiros, a caminho de Niquelândia e das famílias que desciam do Nordeste para a região Centro-Sul.
A função religiosa foi, sem dúvida, a mais importante na instalação e no crescimento do povoado, pois a partir de 1933, romeiros provenientes da região do Vão dos Angicos, no município de Luziânia, se dirigiam todos os anos, durante o mês de julho para rezarem na capela do Divino, erguida por fazendeiros locais. Com o surgimento de algumas casas em volta da capela, os fazendeiros começaram a lotear partes do vale, com o objetivo de formar uma cidade.
Em 1951, foi fundado o Arraial com o nome de Barro Alto do vão dos Angicos e, para a formação do Patrimônio, os Senhores Januário de Amorim e Valentim José Cabral doaram doze alqueires de terra ao Santo Padroeiro. Ainda na condição de povoado, a localidade passou a denominar-se Padre Bernardo, em homenagem ao vigário que percorria as fazendas locais, celebrando batizados e casamentos, enfatizando cada vez mais a função da cura.
A partir de 1957 a expansão do núcleo urbano se deve ao Senhor José Monteiro Lima, que dividiu sua fazenda em sítios e lotes, doando às famílias sem recursos e vendendo aos que desejassem se fixar na região.
Um maior dinamismo ocorrido no município deve-se ao avanço das fronteiras agrícolas para o Centro-Oeste e mais precisamente à construção de Brasília, dado ao seu favorável posicionamento geográfico em relação do Distrito Federal.

Distrito criado com a denominação de padre Bernardo (ex-povoado), pela Lei Municipal n.º 132, de 06-03-1958, subordinado ao município de Luziânia.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito figura no município de Luziânia.
Elevado à categoria de município com a denominação de Padre Bernardo, pela Lei Estadual n.º 4.797, de 07-12-1963, desmembrado de Luziânia. Sede no antigo distrito de Padre Bernardo. Constituído do distrito sede. Instalado em 09-05-1964.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 8.004, de 26-11-1975, ratificado pela Lei Estadual n.º 8.111, de 14-05-1976, Padre Bernardo adquiriu do município de Niquelândia o distrito de Mimoso.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 2 distritos: Padre Bernardo e Mimoso.
Pela Lei Estadual n.º 10.405, de 30-12-1987, é desmembrado do município de Padre Bernardo o distrito de Mimoso. Elevado à categoria de município com a denominação de Mimoso de Goiás.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede.
Em divisão territorial datada de 2015, o município é constituído de 4 distritos: Padre Bernardo, Mariápolis e Taboquinha, Monte Alto e Trajanópolis.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.