“Grande Mar Redondo”, na língua tupi-guarani. Era assim que os índios denominavam a formosa baía: Pernaguá, Parnaguá, Paranaguá. O povoamento do litoral do Paraná começou por volta de 1550, na ilha da Cotinga, servindo mais de ponto referencial no processo de investigação e buscas auríferas.
Duas décadas depois, os pioneiros, à frente Domingos Peneda, natural de São Paulo, temido e conhecido como “régulo e matador” e considerado o fundador da povoação, conquistaram a margem esquerda do rio Taguaré (Itiberê) habitado pelo indígena Carijó.
Atraídos pelas notícias da existência de ouro que se presumia existir nas chamadas terras de Sant'Ana, ao sul da Capitania de São Vicente, vicentinos e cananeenses intensificaram a navegação em busca de riquezas que o território talvez pudesse oferecer.
Nos anos de 1550, através de Ararapira e Superagüi, penetrando e navegando a vasta e bela baía de Paranaguá, as canoas vicentinas aportaram na ilha da Cotinga, próxima do continente. Admirados de ver em derredor muitas habitações de índios carijó, e receosos talvez de que lhe fizessem alguma traição, foram em direção da ilha da Cotinga, para o lado do furado que a divide da ilha Rasa, onde principiaram as suas habitações.
A primeira povoação foi na ilha da Cotinga e depois mudaram para o lugar da ribanceira onde agora está, talvez porque achassem o terreno mais apropriado para formarem a povoação: arenoso, com uma formosa planície com fonte de água nativa e oferecendo o rio Taguaré, um seguro fundeadouro, abrigado dos ventos e dos piratas em suas baías.
Os cotinganos exploraram recôncavos, rios e sertões que circundam a baía, descobrindo, finalmente, ouro de lavagem nos vários rios que depois chamaram rio dos Almeidas, rio dos Correias, rio Guaraguaçu, ficando conhecidas como minas de Paranaguá.
As boas relações de amizades e de escambo com os carijós provocaram o processo de povoamento de ilhas, desembocaduras de rios, recôncavos.
A notícia do aparecimento de ouro correu logo, além das barras. Outros faiscadores procuraram, sem demora, a região, reunindo-se aos grupos que labutavam com bateias.
Portugal e suas colônias passam para o domínio espanhol e Paranaguá aparece nos mapas como “Baya de la Corona de Castilha”. A povoação cresce, instala sua Câmara Municipal e vira vila com pelourinho e escrivão juramentado. Em 1640, chega o capitão provedor Gabriel de Lara e a família, com investidura de governo militar.
Já em 1646 mandou erigir o Pelourinho, símbolo de poder e justiça de El-Rei. Após dois anos a povoação tornou-se vila, chamando-se Vila de Nossa Senhora do Rocio de Paranaguá. Morrem os Felipes de Espanha e os portugueses retomam a coroa.
Em 1660, Paranaguá tornou-se capitania, passando à condição de cidade em 1842. De lá para cá, foi-se expandindo seu casario pelas margens do rio Itiberê.
Ao ser criada a Província do Paraná, também se criou a Capitania dos Portos do Paraná, que passou a funcionar em 1854. Fato marcante para Paranaguá foi a visita de D. Pedro II, em 1880, para o lançamento da pedra fundamental do edifício da estação ferroviária.
A estrada de ferro foi tão rapidamente construída que já em 1885 era inaugurada e, até hoje, é motivo de grande orgulho na engenharia nacional.
Em 1935 Paranaguá ganhou o porto Dom Pedro II, que mudou o perfil econômico da região, sendo considerado o segundo maior em volume de exportações e o primeiro da América Latina em movimentação de grãos.

Distrito criado com a denominação de Paranaguá, em 1647.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Paranaguá, em 1648.
Elevado à condição de cidade, com a denominação de Paranaguá, pela Lei Provincial n.º 5, de 05-02-1842.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão administrativa referente ao ano de 1933.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 2 distritos: Paranaguá e Rio Pedras.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 6.667, de 31-03-1938, o distrito de Rio das Pedras tomou o nome de Alexandra.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 7.573, de 20-10-1938, Paranaguá adquiriu os extintos distritos dos municípios de Guaraquessaba e Guaratuba.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído de 5 distritos: Paranaguá, Alexandra, Ararapira, Guaraquessaba e Guaratuba.
Pela Lei Estadual n.º 2, de 10-10-1947, são desmembrados do município de Paranaguá os distritos de Guaraquessaba, Ararapira e Guaratuba, sendo que o primeiro e terceiro foram elevados à categoria de município; o segundo, tornou-se distrito do município de Guaraquessaba.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 2 distritos: Paranaguá e Alexandra.
Pela Lei Estadual n.º 613, de 27-01-1951, é criado o distrito de Matinhos a anexado ao município de Paranaguá.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 3 distritos: Paranaguá, Alexandra e Matinhos.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 5.743, de 13-03-1968, é desmembrado de Paranaguá o distrito de Matinhos, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979 o município é constituído de 2 distritos: Paranaguá e Alexandra.
Pela Lei Estadual n.º 8.915, de 15-12-1988, é criado o distrito de Pontal do Paraná e anexado ao município de Paranaguá.
Em divisão territorial datada de 1988 o município é constituído de 3 distritos: Paranaguá, Alexandra e Pontal do Paraná. Assim permanecendo divisão territorial datada de 1993.
Pela Lei Estadual n.º 11.252, de 20-12-1995, é desmembrado de Paranaguá o distrito de Pontal do Paraná, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1999 o município é constituído de 2 distritos: Paranaguá e Alexandra. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.