O povoamento de Paraúna surgiu, por volta de 1900, em terras do então Município de Alemão (atual Palmeiras de Goiás), do qual fora distrito com o nome de “Bota Fumaça”.
Na fazenda São José, às margens do córrego do mesmo nome, os primeiros habitantes construíram um rancho de palha, que servia de templo, onde se rezava o terço ao Menino Jesus, todos os primeiros domingos do mês. Daí, a afluência de diversas famílias para essa localidade.
Com o desenvolvimento inicial e a doação de parte de terras ao Menino Jesus (Igreja), para a formação do Patrimônio, o povoado, com o topônimo “Fumaça”, alcançou expressivo progresso.
Posteriormente, em data ignorada, alcançou a categoria de distrito, com a nova denominação de “São José do Turvo”, mais tarde supresso e restabelecido em 23 de dezembro de 1930, pelo Decreto n.º 412, passando a chamar-se “Paraúna”, do tupi = para (rio) e úna (preto) = rio preto, denominação dada pela Lei n.º 903, de 7 de julho de 1930.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, figura no município de Alemão o distrito de São José do Turvo ex-povoado.
Pela Lei Estadual n.º 540, de 14-06-1917, o município de Alemão passou a denominar-se Palmeiras.
No quadro do Recenseamento de 1-IX-1920, o distrito de São José do Turvo, figura no município de Palmeiras ex-Alemão.
Elevado à categoria de município com a denominação de Paraúna, ex-São José do Turvo, pela Lei Estadual n.º 903, de 07-07-1930, desmembrado de Palmeiras. Sede no atual distrito Paraúna ex-São José do Turvo. Constituído do distrito sede. Instalado em 20-09-1930.
Pelo Decreto Estadual n.º 412, de 23-10-1930, o município de Paraúna foi extinto, sendo seu território anexado ao município de Palmeiras, como simples distrito.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de Paraúna, figura no município de Palmeiras.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Paraúna, pelo Decreto Estadual n.º 5.108, de 10-11-1934, desmembrado de Palmeiras. Sede no antigo distrito de Paraúna. Constituído do distrito sede. Reinstalado em 24-11-1934.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído do distrito.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 557, de 30-03-1938, Paraúna adquiriu do município de Goiás o distrito de Cachoeira, como simples distrito.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 2 distritos: Paraúna e Cachoeira.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 8.305, de 31-12-1943, o distrito de Cachoeira passou a denominar-se Moitú.
No quadro anexo para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 2 distritos: Paraúna e Moitú.
Pela Lei Municipal n.º 6, de 26-04-1948, são criados os distritos de Firminopolis e Marilândia ex-povoado, criado com terras dos distritos de Paraúna e Moitu e anexado ao município de Paraúna.
Pela Lei Estadual n.º 173, de 07-10-1948, desmembra do município de Paraúna os distritos Marilândia e Moitú, para formar o novo município com a denominação de Aurilândia.
Pela Lei Estadual n.º 174, de 07-10-1948, desmembra do município de Paraúna o distrito Firminópolis. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial vigente em 1-VII-1950, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Municipal n.º 59, de 10-11-1962 é criado o distrito de São João e anexado ao município de Paraúna.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 2 distritos: Paraúna e São João.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1968.
Pela Lei Estadual n.º 7.473, de 02-12-1971, é criado o distrito de Turvelândia e anexado ao município de Paraúna.
Pela Lei Estadual n.º 7.477, de 02-12-1971, é criado o distrito de Acreúna e anexado ao município de Paraúna.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1971, o município é constituído de 4 distritos: Paraúna, Acreúna, São João e Turvelândia.
Pela Lei Estadual n.º 8.386, de 14-05-1976, desmembra do município de Paraúna os distritos de Acreúna e Turvelândia, para formar o novo município de Acreúna.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 2 distritos: Paraúna e São João.
Pela Lei Estadual n.º 10.433, de 09-01-1988, desmembra do município de Paraúna o distrito de São João. Elevado à categoria de município com a denominação de São João da Paraúna.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito Sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.

Alteração toponímica distrital
São José do Turvo para Paraúna alterada, pela Lei Estadual n.º 903, de 07-07-1930.