Na segunda metade do século XVIII, várias viagens de exploração do rio Amazonas foram efetuadas a mandado do Governo Português. Na viagem realizada em 1796, o capitão José Pedro Cordovil resolveu ficar numa das ilhas formadas pelo grande rio, onde desembarcou “com seus escravos agregados” para “dedicarem-se à pesca de piracuru nos largos próximos e também à agricultura”.
Encontraram como habitantes da região os índios Sapupés e Maués. A estes juntaram-se mais tarde os Peruvianos, Uapixabas e Mudurucus. Habitavam também a região, mais para o recesso do município. O Parintins eram antropófagos e viviam em lutas constantes com as tribos vizinhas, principalmente como os Munducurus, seus inimigos mais ferrenhos.
Cordovil deu ao local a denominação de Tupinambarana. Poucos anos após, havendo Cordovil obtido do governo de D. Maria a doação de uma sesmaria nas proximidades do lago Miriti, para ali se transferiu com a sua gente, ofertando Tupinambarana à rainha D. Maria I.
Em 1880, a sede do município recebeu foros de cidade e passou a denominar-se Parintins.

Distrito criado com a denominação de Tupinambarana, em 1803.
Em 1804 recebeu a denominação de Missão de Vila Nova da Rainha, assim sendo chamado até 1833, quando voltou a ser freguesia de Tupinambarana.
Elevada à categoria de vila com a denominação de Vila Bela do Imperatriz, pela Lei Provincial do Pará n.° 146, de 24-10-1848, foi desmembrada do município de Maués. Quando da emancipação da Província do Amazonas (Lei n.° 592, de 05-09-1850), o município ainda não havia sido instalado. O governo da nova Província confirmou sua criação pela Lei n.º 2, de 15-10-1852, ocorrendo a instalação em 14-03-1853.
A vila foi elevada à condição de cidade com a denominação de Parintins, pela Lei Provincial n° 499, de 30-10-1880. De seu território foi desmembrada, em 1881, uma área que passou a constituir o município de Vila Nova de Barreirinha.
Pela Lei Municipal, datada de 29-04-1899, foram criados os distritos de Jamundá, Paraná do Ramos e anexados ao município de Paritins.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 4 distritos: Parintins, Jamundá, Paraná do Ramos e Xibuí.
Assim permanecendo nos quadros de apuração do recenseamento geral de 01-IX-1920.
Em divisão administrativa referente ano de 1933, o município aparece constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Por força do Decreto-lei Estadual n° 176, de 01-12-1938, é criado o distrito de Ilha das Cutias e anexado ao município de Parintins.
Em divisão territorial datada de 01-VII-1950, o município é constituído de 2 distritos: Parintins e Ilhas das Cutias.
Pela Lei Estadual n° 96, de 19-12-1955, desmembra do município de Parintins o distrito de Ilhas de Cutias, para constituir o novo município de Nhamundá. Assim, Parintins voltou a possuir apenas um distrito, figurando como sede de comarca desde a divisão territorial de 31-XII-1936.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 01-I-1979.
Delimitado pelo Decreto Estadual n.º 6158, de 25-02-1982, é criado o distrito de Mocambo e anexado ao município de Parintins.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 2 distritos: Parintins e Mocambo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.