Os nordestinos, principalmente os cearenses, foram os pioneiros dos povoamentos de várias águas do Amazonas. Na zona do rio Purus, esse povoamento iniciou-se às margens do grande rio, nas primeiras décadas da segunda metade do século XVIII e pouco depois se estendeu aos afluentes caudalosos.
Habitavam primitivamente a região os índios Pamaris, Catuquinas, Purupurus, Cucamas, Jamadis, Canamaris entre outros.
Em 1949, chegaram a Terruaã alguns padres da Ordem Monástica dos Recoletos de Santo Agostinho e edificaram uma capela provisória, que foi inaugurada em 15 de agosto do mesmo ano, com a denominação de Nova Hipona Terruaã.
O rio Pauini, cuja denominação se estendeu ao município em referencia, é um dos principais afluentes do rio Purus.

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Pauini, pela Lei Estadual n.º 96, de 19-12-1955, desmembramento do município de Lábrea. Sede no atual distrito de Pauini (ex-povoado Terruã). Constituído distrito sede. Instalado em 01-04-1956.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.