Até o ano de 1840, o território hoje ocupado pelos municípios de Pederneiras, Iacanga, Arealva, e Reginópolis (ex-Batalha) estavam inteiramente em poder dos índios caingangues. As revoltas liberais de São Paulo e Minas, liderada por Diogo Antônio Feijó, entre 1841 e 1842, com seu imenso cortejo de horrores e de perspectivas sombrias fez com que habitantes dos centros populosos destes dois estados se embrenhassem pelos sertões, fugindo do recrutamento. Desceram esses retirantes acompanhando o curso do Rio Tietê, sendo que esse era via de acesso dos bandeirantes desde os tempos do descobrimento. Era o ‘rio das entradas’, como que uma seta enristada no Caminho do Mar ao El Dorado de Cuiabá, e, pelas suas águas no lento perpassar de três séculos, desceram as bandeiras cativadoras de índios e pesquisadores de ouro, desvendando o mistério americano e empurrando o famoso Tratado de Tordesilhas para os sopés andinos, no extremo do continente.
Por essas mesmas águas históricas desceram também, como refugiados de 1842, os fundadores de povoados e plantadores dessas grandes cidades marginais do lendário “Y. Etê de Piratininga”. Antes da Constituição Republicana de 1821, que fez a separação entre a igreja e o estado, os primeiros emissários da civilização que atingiram as regiões inexploradas podiam tomar posse dos terrenos que pretendessem colonizar. A legalização dessa posse resultava de uma simples formalidade, o Registro do Vigário, que custava dois mil réis e servia para provar o domínio e garantir a posse dos pequenos sítios ou dos vastos latifúndios.
Para esta região, tal registro era feito na sede paroquial de Botucatu (Freguesia de Santa Ana) pelo então vigário padre Joaquim Gonçalves Pacheco. Ali compareceram em 1848 os sertanistas Manoel dos Santos Simões e seus filhos Manoel Leonel dos Santos e João Leonel dos Santos, que foram os primeiros posseiros das terras em que se localizava esta cidade e denominaram-na “Fazenda Pederneiras”, em virtude da grande quantidade de pedra-de-fogo encontrada no local. Posteriormente, Antônio de Souza Pinto se apossou da Fazenda Patos; Claudino José Pereira, da Fazenda Barra dos Macacos; Generoso Corrêa Machado, parte da Fazenda Macacos; Claudino Alves dos Santos, da Fazenda Barreiros; Antônio Joaquim da Cunha Bastos, da Fazenda Ribeirão Claro; Francisco José Ignácio Rodrigues, da Fazenda Boa Vista, Antônio Pompeu de Camargo, José Rodrigues Ferraz e Pinto Júnior, da Fazenda Matão, ou Grande Espigão; além de diversos outros.
A Fazenda e depois Povoação de Pederneiras, desligando-se de Botucatu, passou a pertencer ao município de Lençóes, criado pela Lei nº. 90, de 24 de abril de 1865, abastecendo-se a população no comércio da Vila Fortaleza (hoje povoado de Piatan). Criada a Comarca de Lençóes, pela Justiça foram feitas as primeiras divisões judiciais de terras compreendendo as fazendas Varaes, Anhumas e Água Branca, que pertenciam a São Sebastião da Alegria.

Freguesia criada com a denominação de Pederneiras, pela Lei Provincial n.º 22, de 28-02-1889, no município de Lençóis.
Elevado à categoria vila com a denominação de São Sebastião da Alegria, pelo Decreto-lei Estadual n.º 74, de 22-05-1891, desmembrado de Lençóis. Sede na vila de São Sebastião da Alegria (ex-Pederneiras). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-07-1891.
Pela Lei Estadual n.º 316, de 25-05-1895, o distrito de São Sebastião da Alegria voltou a denominar-se Pederneiras.
Elevado à condição cidade com a denominação de Pederneiras, pela Lei Estadual n.º 1.038, de 19-12-1906.
Pela Lei Estadual n.º 1.200, de 30-12-1909, é criado o distrito de Iacanga e anexado ao município de Pederneiras.
Pela Lei Estadual n.º 1.284, de 20-12-1911, é criado o distrito de Soturna e anexado ao município de Pederneiras.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município de Pederneiras é constituído de 3 distritos: Pederneiras, Iacanga e Soturna.
Pela Lei n.º 1.890, de 13-12-1922, é criado o distrito de Batalha e anexado ao município de Pederneiras.
Pela Lei n.º 2.026, de 27-12-1924, é desmembrado do município de Pederneiras os distritos de Iacanga, Soturna e Reginópolis (ex-Batalha), alterado pela Lei citada, para formar o novo município de Iacanga.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído do distrito sede.
Pelo Decreto n.º 6.459, de 25-05-1934, é criado distrito de Floresta e anexado ao município de Pederneiras.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 6.716, de 01-10-1934, é criado o distrito de Guaianás e anexado ao município de Pederneiras.
Em divisões territoriais datada de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 3 distritos: Pederneiras, Floresta e Guaianás.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 9.775, de 30-11-1938, é criado o distrito de Água Limpa com terras desmembradas do distrito de Floresta. A Lei citada desmembra o distrito de Floresta do município de Pederneiras para o de Itapuí.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 3 distritos: Pederneiras, Água Limpa e Guaianás.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, o distrito de Água Limpa passou a denominar-se Santelmo.
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, é criado o distrito de Vanglória e anexado ao município de Pederneiras.
Em divisão territorial datada de I-VII-1960, o município é constituído de 4 distritos: Pederneiras, Guaianás, Santelmo (ex-Água Limpa) e Vanglória.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2020.