A primeira referência histórica do surgimento do município data de junho de 1758, através da doação que Gomes Freire de Andrade, Conde de Bobadela, fez ao Coronel Thomáz Luiz Osório, das terras que ficavam às margens da Lagoa dos Patos. Fugindo da invasão espanhola, em 1763, muitos dos habitantes da Vila de Rio Grande buscaram refúgio nas terras pertencentes a Thomáz Luiz Osório. A eles vieram juntar-se os retirantes da Colônia do Sacramento, entregue pelos portugueses aos espanhóis em 1777, cumprindo o tratado de Santo Ildefonso assinado entre os dois países.
Em 1780, o português José Pinto Martins, que abandonara o Ceará em consequência da seca, funda às margens do Arroio Pelotas a primeira Charqueada. A prosperidade do estabelecimento, favorecida pela localização, estimulou a criação de outras charqueadas e o crescimento da região, dando origem à povoação que demarcaria o início da cidade de Pelotas.
A Freguesia de São Francisco de Paula, fundada em 07 de Julho de 1812 por iniciativa do padre Pedro Pereira de Mesquita, foi elevada à categoria de Vila em 07 de abril de 1832. Três anos depois o Presidente da Província, Antônio Rodrigues Fernandes Braga, outorgou à Vila os foros de cidade, com o nome de Pelotas, sugestão dada pelo Deputado Francisco Xavier Pereira. O nome originou-se das embarcações de varas de corticeira forradas de couro, usadas para a travessia dos rios na época das charqueadas.

Distrito criado com a denominação de São Francisco de Paula, pela Resolução Régia de 31-01-1812, e Atos Municipais n.ºs 12, de 27-08-1893, e 345, de 15-08-1905.
Elevada à categoria de vila com a denominação de São Francisco de Paula, pelo Decreto de 07-12-1830, desmembrada do município de Rio Grande. Sede na antiga povoação de São Francisco de Paula. Instalada em 07-04-1832.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Pelotas, pela Lei Provincial n.º 5, de 27-06-1835.
Pelos Atos Municipais n.ºs 312, de 27-08-1893 e 345, de 15-08-1905, foram criados os distritos de Areal, Buena, Capão do Leão e Retiro e anexados ao município de Pelotas.
Pelos Atos Municipais n.ºs 16, de 05-12-1896, e 345, de 15-08-1905, é criado o distrito de Santa Eulália e anexado ao município de Pelotas.
Pelos Atos Municipais n.ºs 391, 27-10-1906 e 345, 15-08-1905, é criado o distrito de Santa Silvana e anexado ao município de Pelotas.
Pelos Atos Municipais n.ºs 345, 15-08-1905 e 1196, de 31-07-1924, é criado o distrito de Quilombo e anexado ao município de Pelotas.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 8 distritos: Pelotas, Areal, Buena, Capão do Leão, Quilombo, Retiro e Santa Eulália e Santa Silvana.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920, aparece constituído de 6 distritos: Pelotas, Arroio do Padre, Buena, Monte Bonito, Quilombo e Retiro.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município tem 7 distritos: Pelotas, Areal, Capão do Leão, Quilombo, Retiro, Santa Eulália e Santa Silvana. Não figurando o distrito de Monte Bonito.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 7 distritos: Pelotas, Areal, Capão do Leão, Colônia Santa Silvana (ex-Santa Silvana), Passo de Pelotas, Quilombo e Retiro.
Pelo Decreto Estadual n.º 7.199, de 31-03-1938, foram extintos os distritos de Colônia, Santa Eulália, Quilombo, Retiro e Santa Silvana, figurando com simples zona do distrito sede do município de Pelotas. Sob o mesmo Decreto Estadual acima citado, o distrito de Retiro tomou a denominação de Cerrito Alegre.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 3 distritos: Pelotas, Capão do Leão e Areal.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 720, de 29-12-1944, o distrito de Areal tomou o nome de Dunas.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 3 distritos: Pelotas, Capão do Leão e Dunas (ex-Areal).
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.
Pela Lei Municipal n.º 857, de 04-05-1959, foram criados os distritos de Cerrito Alegre, Morro Redondo, Quilombo, Santa Eulália e Santa Silvana e anexados ao município de Pelotas.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 8 distritos: Pelotas, Capão do Leão, Cerrito Alegre, Dunas, Morro Redondo, Quilombo, Santa Eulália e Santa Silvana.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1963.
Pela Emenda Municipal n.º 6, de 01-12-1965, os distritos de Dunas e Santa Eulália tomaram a denominação, respectivamente de Laranjal e Cascata.
Pela Lei Municipal n.º 1.505, de 17-12-1965, foram criados os distritos de Arroio do Padre e Monte Bonito anexado ao município de Pelotas.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 10 distritos: Pelotas, Arroio do Padre, Capão do Leão, Cascata (ex-Santa Eulália), Cerrito Alegre, Laranjal (ex-Dunas), Monte Bonito, Morro Redondo, Quilombo e Santa Silvana.
Pela Lei Estadual n.º 7.647, de 03-05-1982, desmembra do município de Pelotas o distrito de Capão do Leão. Elevado á categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 9 distritos: Pelotas, Arroio do Padre, Cascata, Cerrito Alegre, Laranjal, Monte Bonito, Morro Redondo, Quilombo e Santa Silvana.
Pela Lei Municipal n.º 2.931, de 24-10-1985, foram criados os distritos de Colônia Z/3 (ex-localidade de Arroio Sujo) e Vila Lange (ex-localidade), criado com terras desmembradas do distrito de Santa Silvana e anexado ao município de Pelotas.
Pela Lei Municipal n.º 3.183, de 30-12-1988, é criado o distrito de Rincão da Cruz e anexado ao município de Pelotas.
Pela Lei Estadual n.º 8.633, de 12-05-1988, alterada em seus limites pela Lei Estadual n.º 9.025, de 08-02-1990, desmembra do município de Pelotas o distrito de Morro Redondo. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 10 distritos: Pelotas, Arroio do Padre, Cascata, Cerrito Alegre, Colônia Z/3, Laranjal, Monte Bonito, Quilombo, Rincão da Cruz e Santa Silvana.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1995.
Pela Lei Estadual n.º 10.738, de 16-04-1996, desmembra do município de Pelotas o distrito de Arroio do Padre. Elevado á categoria de município.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 8 distritos: Pelotas, Cascata, Cerrito Alegre, Colônia Z/3, Monte Bonito, Quilombo, Rincão da Cruz e Santa Silvana.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2005. Laranjal figura como sub-distrito.
Pela Lei n.º 4.944, de 23-06-2003, é criado o distrito de Triunfo e anexado ao município de Pelotas.
Em divisão territorial datada de 2007, o município é constituído de 9 distritos: Pelotas, Cascata, Cerrito Alegre, Colônia Z/3, Monte Bonito, Quilombo, Rincão da Cruz, Santa Silvana e Triunfo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.