Quando do descobrimento do Brasil pelos portugueses em 1500, já existia na região a Aldeia dos Índios Peroibe. No sistema de capitanias hereditárias implantado pela coroa portuguesa em 1534, para a colonização do Brasil, o território onde hoje localiza-se Peruíbe pertencia à Capitania de São Vicente, cujo donatário era Martim Afonso de Sousa.
Mas a história de Peruíbe está intimamente ligada ao estabelecimento dos padres jesuítas pelo litoral do estado de São Paulo. Em 1549, chegou o padre Leonardo Nunes para fazer a catequese dos índios, no local onde já havia sido construída a Igreja de São João Batista. Os indígenas o apelidaram de “abarebebê” (padre voador), pois parecia estar em vários locais ao mesmo tempo. Restos desta igreja são conhecidos hoje como ruínas do Abarebebê. Em 1554, foi a vez de o padre José de Anchieta chegar ao aldeamento. Em 1640, passou a ser conhecida como Aldeia de São João Batista e, em 1789, os padres jesuítas foram expulsos do Brasil. A aldeia, abandonada, entrou em declínio, tornando-se uma pacata vila de pescadores, sempre submetida ao município de Itanhaém.
Em 1914, a construção da Estrada de Ferro Santos-Juquiá trouxe novos habitantes. A bananicultura se espalhou pela região. Nos anos 1950, com a construção de rodovias para o litoral sul, a atividade comercial, especialmente a imobiliária, começa a crescer, sendo realizado um plebiscito para definir a emancipação política de Peruíbe, em 24 de dezembro de 1958, proposto pelo então vereador de Itanhaém, Geraldo Russomano.
Em 18 de fevereiro de 1959, o distrito passou a ser um município desmembrado do território de Itanhaém.

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Peruíbe pela Lei Estadual n.º 5.285, de 18-02-1959, sendo desmembrado do município de Itanhaém. Sede no atual distrito de Peruíbe. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1960.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.