Data do final do século XVI a ocupação da área onde hoje se situa Pindamonhangaba. O primeiro morador, que ganhou terras no local e implantou sítio com ranchos e pastaria, foi João do Prado Martins, em 1643.
A 'paragem' estava fadada a se desenvolver rapidamente, já que suas terras eram excelentes; o clima ameno e sua posição geográfica a tornavam passagem obrigatória dos viajantes que se deslocavam de São Paulo para Minas Gerais através do Vale do Paraíba. Por volta de 1680, Pindamonhangaba já era um povoado, vinculado ao Termo (Município) de Taubaté. Data dessa época a construção do primeiro templo, a capela de Nossa Senhora do Bom Sucesso, no lugar onde hoje fica a Praça Padre João de Faria Fialho.
Em 10 de julho de 1705, o povoado recebeu foros de vila, por ato da Rainha Dona Catarina, ficando, portanto, politicamente emancipado de Taubaté.
Durante o século XVIII, desenvolveu-se em Pindamonhangaba uma atividade agropastoril, com predominância da cultura de cana-de-açúcar e a produção de açúcar e aguardente, em engenhos.
Durante o período do café no Brasil, a cidade viveu sua fase de maior brilho e se destacou no cenário nacional. O cultivo do café foi iniciado no Município a partir dos anos de 1820. Duas décadas após, Pindamonhangaba se tornou um grande centro cafeeiro, apoiado em suas terras férteis e na mão-de-obra escrava. Nessa época, foram construídos o Palacete 10 de Julho, o Palacete Visconde da Palmeira, o Palacete Tiradentes, a Igreja São José e outros grandes casarões. A Igreja Matriz Nossa Senhora do Bom Sucesso, construída nos primeiros anos dos 1700, foi remodelada, ganhando sua fachada imponente.
Pindamonhangaba, que ganhou do cronista e poeta Emílio Zaluar o título de 'Princesa do Norte', foi elevada a cidade por lei provincial de 03 de abril de 1849. O ciclo do café extinguiu-se no final da década de 1920, não tendo resistido aos golpes produzidos pela exaustão das terras, a libertação dos escravos e a crise econômica mundial. A partir daí, a economia de Pindamonhangaba passou a se apoiar na constituição de uma importante bacia leiteira, em extensas culturas de arroz e na produção de hortigranjeiros. Foi uma época de pequeno crescimento econômico, que se estendeu até o final da década de 1950, quando o Município entrou no ciclo pré-industrial. O período de 1970 a 1985 foi, para Pindamonhangaba, uma fase de crescimento industrial extremamente acelerado, que mudou, profundamente, a face do Município.
O topônimo Pindamonhangaba é de origem indígena e significa 'lugar onde se fazem anzóis'.

Freguesia criada com a denominação de Nossa Senhora do Bom Sucesso de Pindamonhangaba, em 1690-1705, subordinado ao município de Taubaté.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Nossa Senhora do Bom Sucesso de Pindamonhangaba, por Carta Régia de 10-07-1705, desmembrado de Taubaté.
Elevado à condição de cidade e sede do município com a denominação de Pindamonhangaba, pela Lei Provincial n.º 17, de 03-04-1849.
Em divisão administrativa do Brasil referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pela Lei Estadual n.º 5.285, de 18-02-1959, é criado o distrito de Moreira Cesar e anexado ao município de Pindamonhangaba.
Em divisão territorial de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Pindamonhangaba e Moreira Cesar.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.