Em meados do século XVII as populações indígenas remanescentes entraram em contato com o elemento europeu.
Após a ocupação de Paranaguá, o homem branco deu início à colonização do Planalto Curitibano. Esse processo está intimamente ligado à procura e exploração de metais preciosos, principalmente o ouro.
Foi em busca desse metal que o europeu transpôs a serra do mar e iniciou a colonização do Primeiro Planalto, já que se tratava de ouro de aluvião (encontrado nas encostas dos rios). Juntamente com a colonização de Curitiba, ocorreu o processo de requerimento e concessão de sesmarias nas regiões vizinhas. Nesse contexto, em 1674, o capitão-povoador Antonio Martins Leme fez requerimento de uma sesmaria localizada entre os rios Palmital e o Itatiba (Atuba) com dimensão œ x œ légua.
A história recente da ocupação territorial de Pinhais tem as suas raízes intimamente ligadas à construção da Ferrovia Paranaguá Curitiba, inaugurada já no ano de 1885. Além da estação, outro fator aglutinador foi a implementação de uma indústria cerâmica que a partir de meados da década de 1910, tornou-se uma das unidades produtivas mais dinâmicas do Paraná.
Com base nos registros da Segunda Lei de Terras do Paraná (1893), podemos trabalhar com a hipótese de que a Estação de Pinhais surgiu para possibilitar o acesso e o escoamento do centro produtor de São José dos Pinhais, visto que esse município produzia erva-mate em grande escala, além de madeira e outras mercadorias.
Vários desses registros fazem menção à estrada que ligava o município de São José dos Pinhais. Com a inauguração da Estrada de Ferro, também foram construídas as casas dos funcionários responsáveis pela manutenção da ferrovia. Começou assim a se esboçar um pequeno povoado. Além dessa incipiente concentração de moradores, já estavam estabelecidos proprietários de terras que desenvolviam atividades agropastoris. Grande parte desses proprietários moravam na região e utilizavam as suas terras para o plantio de diversos gêneros agrícolas e para a criação de gado, tendo como centro de consumo a Capital. Datam desse período vários registros de terras, principalmente nas proximidades do rio Palmital e também entre os rios Atuba e Iraí.
É possível que nessa região existisse um grande número de fazendas, constituindo uma população esparsa, pois é nesse momento que chegou ao Paraná, principalmente à Capital e arredores, a grande leva de imigrantes europeus, fundando suas respectivas colônias. Nessa região estabeleceram-se muitos imigrantes italianos, que fundaram a Colônia Novo Tirol. Em sua maioria, essas novas populações se ocuparam do cultivo de terra e também de incipientes manufaturas, a maioria de cunho artesanal.
Em linhas gerais, eram essas as características da região no final do século XIX e início do século XX.
A abertura da via férrea ligando ao planalto curitibano significou um avanço de suma importância para a economia do Estado. A via de acesso para o escoamento da produção da Capital e das regiões vizinhas facilitou e fomentou o surgimento de novos empreendimentos econômicos. Assim, em 1898 tiveram início os trabalhos da cerâmica da família Torres, que foi instalada na região bem próxima à linha férrea.
Foi justamente da conjunção desses dois fatores, cerâmica e estação, que iniciou-se uma povoação mais densa. Dessa forma a região em torno da estação de trem constitui o Marco Zero da atual cidade.

Distrito criado com a denominação de Pinhais, pela Lei Estadual n.º 4.966, de 19-11-1964, subordinado ao município de Piraquara.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o distrito de Pinhais, figura no município de Piraquara.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Elevado à categoria de município com a denominação de Pinhais, pela Lei Estadual n.º 9.906, de 18-03-1992, desmembrado de Piraquara. Sede no antigo distrito de Pinhais. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.