Os pioneiros imigrantes italianos que chegaram ao atual território de Pinto Bandeira instalaram-se nas Linhas Palmeiro e Jansen da então Colônia Dona Isabel, primeiro nome do município de Bento Gonçalves. A primeira ação que se impôs foi a de abrir uma clareira na mata fechada, derrubando árvores centenárias, onde construíram, provisoriamente, uma rústica choupana, plantaram o milho para fazer a polenta e se sustentavam com a coleta e a caça na floresta. Depois desses primeiros imigrantes, muitos outros vieram de várias regiões da Itália, mas também poloneses, suecos, espanhóis e luso-brasileiros. Com muito trabalho e fé semearam trigo, cultivaram videiras, fizeram pão, vinho, salame e queijo. Nas linhas Palmeiro, Jansen, Amadeu, Rio Branco, Jacinto, Silva Pinto, Marcolino Moura, Clementina, Liberdade, Buratti e 5ª Secção do Rio das Antas foram instalando-se e, aos poucos, constituindo comunidades a cada 50-60 famílias.
Diversas comunidades, devido à distância da sede da colônia, pleiteavam o privilégio de terem um sacerdote residente, sonhando com o fato de constituírem-se futuramente em Paróquia como forma de alcançarem uma certa hegemonia sobre as demais. Os primeiros sacerdotes, na condição de capelães, residiram na comunidade de São Pedro, lote 28 da Linha Jansen. Foi apenas em 1890 que o Pe. Francesco Piccoli transferiu-se do lote 28 da Jansen, primeiramente para a capela da Anunciata e, a partir de 1891, passou a residir definitivamente na então Capela São Paulo da Linha Silva Pinto, local onde hoje localiza-se o Santuário de Pompéia.
A partir deste período a localidade de Silva Pinto, que recebeu esse nome como homenagem dada ao ajudante de engenheiro Bacharel Antonio Innocêncio da Silva Pinto, responsável pela demarcação dessa área de terras, foi desenvolvendo-se, alcançando maior visibilidade a partir de 1897, com a chegada do Pe. Luiz Segalle, que estimulou a devoção a Nossa Senhora do Rosário de Pompéia, surgida ao redor de um quadro, fac-simile, que o mesmo trouxe de Pompéia na Itália. Rapidamente essa devoção ultrapassou os limites locais. Pe. Segalle ao ver o número cada vez maior de fiéis que acorriam a Silva Pinto não se conformava em dispor apenas de uma rústica capela de madeira para celebrar. Trouxe de Genova o Eng. Nicolò Ferro, que projetou, em estilo romano clássico e acompanhou pessoalmente os trabalhos de construção do novo templo que teve sua pedra fundamental lançada em 1899, sendo inaugurado parcialmente em 1902, mas que só ficou efetivamente pronto em 1915, sendo então consagrado solenemente pelo arcebispo de Porto Alegre, Dom João Becker, como primeiro santuário mariano do RS. Por causa dessa devoção que conquistou toda a região, antes do Santuário ser entregue ao culto, em 1902, a localidade já passara a denominar-se Nova Pompéia.
Em 1913, Nova Pompéia foi elevada à condição de Distrito de Bento Gonçalves tendo como primeiro Subprefeito o Sr. Lívio Arpini.Neste ano também foi instalado o cartório tendo como primeiro titular o Sr. Cristóvão Luzzatto. O nome de Nova Pompéia permaneceu até 1938, quando, às vésperas da deflagração da segunda guerra mundial, foi proibida a língua italiana no país inteiro e todos os nomes com origem italiana foram abolidos, tomando, desde então, o nome de Pinto Bandeira, em homenagem ao herói militar riograndense Rafael Pinto Bandeira.
Pinto Bandeira foi emancipado de Bento Gonçalves em 16 de abril de 1996 através da Lei 10.749. Por questões político-jurídicas, porém, seu primeiro Prefeito, Severino Pavan, só tomou posse em 1º de janeiro de 2001.
Em 2003, por força de uma liminar do STF, Pinto Bandeira voltou novamente à condição de distrito de Bento Gonçalves. Mas depois de anos de luta, o município recuperou, em 30 de junho de 2010, por decisão do pleno do STF, sua autonomia política. Teve, no entanto, que aguardar pacientemente, as novas eleições municipais de 2012, para eleger os novos integrantes dos poderes Executivo e Legislativo, sendo reinstalado oficialmente em 1º de janeiro de 2013.

Pelo ato municipal n.º 4, de 15-01-1913, é criado o distrito de Nova Pompéia e anexado ao município de Bento Gonçalves.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920, o município é distrito de Bento Gonçalves.
Pelo Decreto n.º 7.842, de 30-06-1939, o distrito de Pompéia (ex-Nova Pompéia) tomou a denominação de Pinto Bandeira.
Em divisão territorial de 1994, Pinto Bandeira aparece como distrito de Bento Gonçalves.
Pela Lei Estadual n.º 10.749, de 16-04-1996, é desmembrado do município Bento Gonçalves o distrito Pinto Bandeira. Elevado à categoria de município, porém não instalado por questões judiciais.
Pela Lei Estadual n.º 11.375, de 28-09-1999, o município de Pinto Bandeira é mantido e sua instalação prevista para 01/01/2001.
Em divisões territoriais de 2000 a 2009, Pinto Bandeira aparece como distrito de Bento Gonçalves.
Em divisão territorial de 2011, Pinto Bandeira aparece como distrito de Bento Gonçalves.
Em divisão territorial de 2013, Pinto Bandeira figura como município.