As primeiras penetrações em território pontalinense deram-se por aventureiros oriundos da Capitania de Minas Gerais, no início do século XIX.
Esse primeiro devassamento ocorreu na região, próxima à atual sede municipal, onde surgiram as fazendas: São Lourenço, Paraíso, São João e São Bento cujo os respectivos proprietários eram: Justiniano José Machado, João Xavier Ferro, Francisco Dutra Pereira, Antônio Soares de Souza e Justo José de Magalhães, os pioneiros da localidade, no período de 1826 a 1841.
Em 03 de maio de 1841, registrou-se a doação de 200 alqueires goianos de terras à Igreja Santa Rita de Cássia, para a formação do patrimônio, procedendo-se à demarcação dos lotes urbanos e construindo-se uma modesta capela e a casa do vigário. O povoado ou arraial nascente recebeu a denominação de Santa Rita do Pontal, em homenagem à padroeira local e à região de Pontal.
O avanço econômico, sobretudo no setor de agropecuária, motivou a elevação do povoado à Vila, porém não foi instalada.

Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920, figura no município de Morrinhos o distrito de Santa Rita do Pontal.
Assim permanecendo em divisão administrativa referente ao ano de 1933.
Elevado à categoria de município com a denominação de Santa Rita do Pontal, pelo Decreto-lei Estadual n.º 557, de 30-03-1938, desmembrado de Morrinhos. Sede no antigo distrito de Santa Rita do Pontal (ex-povoado). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1939.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.233, de 31-10-1938, o município de Santa Rita do Pontal passou a denominar-se Pontalina.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município de Pontalina é constituído do distrito sede.
Pela Lei Municipal n.º 7, de 11-11-1948, é criado o distrito de Aloândia (ex-povoado) e anexado ao município de Pontalina.
Em divisão territorial vigente em 1-VII-1950, o município é constituído de 2 distritos: Pontalina e Aloândia.
Pela Lei Estadual n.º 732, de 17-06-1953, é desmembrado do município de Pontalina o distrito de Aloândia. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Municipal n.º 112, de 25-02-1964 é criado o distrito de Vicentinópolis e anexado ao município de Pontalina.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 2 distritos: Pontalina e Vicentinópolis.
Pela Lei Estadual n.º 3.346, de 10-06-1980, é desmembrado do município de Pontalina o distrito de Vicentinópolis. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1983, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.