A história de Pouso Alegre, antigo Arraial de Bom Jesus de Matozinhos do Mandu, tem início no despertar social e econômico da rica região sul-mineira. Data mais ou menos de 1596 o devassamento pelos bandeirantes paulistas do Alto Sapucaí, por onde passaria, em 1601, a expedição de D. Francisco de Souza, da qual fazia parte o alemão Glimmer, o primeiro naturalista a penetrar naquelas paragens.
Pelos fins do século XVI já se sabia da existência de ouro no Alto Rio Verde e no Alto Sapucaí.
O primeiro marco de povoação em terras de Pouso Alegre teria sido lançado no século XVIII por João da Silva, assim relatado no “Almanaque Sul-Mineiro de 1874”, organizado por Bernardo Saturnino da Veiga: 'Segundo tradição que se tem conservado, quem primeiro habitou às margens do Mandu foi o aventureiro de nome João da Silva.
'Prosperando em sua lavoura, fez João da Silva, no fim do século passado, doação do terreno necessário à edificação de uma igreja dedicada ao Senhor Bom Jesus. Construiu-se a capela com auxílio de alguns moradores vizinhos e, no ano de 1795, o padre Francisco de Andrade Melo, que então residia na Paróquia de Santana do Sapucaí, veio celebrar a primeira missa que houve nesse lugar, ficando, desde então, como capelão particular.
'Em 1797 o governador D. Bernardo José Lorena, Conde de Sarzedas, que de São Paulo fora transferido para a capitania de Minas Gerais, passou pelo nascente povoado, onde veio a seu encontro o Juíz de Fora de Campanha, Dr. José Joaquim Carneiro de Miranda.
'Encantados pelo suntuoso panorama que se descortinava a seus olhos e pelos vastos límpidos horizontes que os cercavam, conta-se que um daqueles personagens dissera: ‘Isto não devia chamar-se Mandu, mas sim Pouso Alegre’. E daí veio a denominação que o povo e a lei posteriormente sancionaram'.
Segundo alguns autores, o batismo da localidade como Mandu se derivou da corruptela do nome de um pescador ou tropeiro, que se chamaria Manuel, atendendo pela alcunha de Manduca ou simplesmente Mandu, e que teria sido o primeiro povoador da região. Segundo outros, o nome veio do tupi-guarani mandi-yu (mandi = peixe e yu = amarelo). Atestam Marques de Oliveira e Augusto Vasconcelos que até 1799 a florescente povoação localizada às margens do Mandu era também conhecida pelo nome desse rio.
Crescendo a população do lugar, a cerca de seis léguas da Freguesia de Santa Ana do Sapucai, surgiu em 1789 a idéia da construção de uma capela, que foi erguida em terreno doado por Antônio José Machado e sob a invocação do Senhor Bom Jesus de Matozinhos. Benta possivelmente em 18 de abril de 1802, teve por capelão o padre José de Melo.
Oito anos depois de inaugurada a capela, o povoado foi elevado à categoria de freguesia. Nomeado vigário colado da vara da freguesia, o Padre José Bento Leite Ferreira de Melo, natural de Campanha, tornou-se figura central da história de Pouso Alegre em seu tempo.
Em 1830, o Padre Bento, auxiliado por seu coadjutor, padre João Dias de Quadros Aranha, fundou o Pregoeiro Constitucional, jornal de grande relevo na vida política da época, sendo o primeiro a sair no sul de Minas e o quinto na Província. Foi em suas oficinas que se imprimiu o projeto da nova Constituição do Império, chamada 'Constituição de Pouso Alegre', preparada por membros do Partido Moderador no intuito de satisfazer as exigências dos mais avançados e pacificar os demais.
Em 1832 foi levantado o pelourinho, símbolo da emancipação municipal, no Largo da Alegria. No ano seguinte, quando irrompeu a sedição militar em Ouro Preto, Pouso Alegre fez-se presente ao lado da legalidade, enviando numeroso contingente.
Com a renúncia do padre Diogo Antônio Feijó ao cargo de Regente do Império, e conseqüente mudança da situação política no País, foi organizado no município o Partido Conservador, chefiado por Antônio de Barros Melo.
Em 1842 agravaram-se as lutas políticas locais em conseqüência da agitação em todo o país, que culminou com a Revolução de 1842, atingindo as Províncias de São Paulo e de Minas Gerais. Em Baependi, no sul de Minas, travou-se um combat, com a participação de 360 soldados legalistas de Pouso Alegre, comandados pelo Coronel Julião Florêncio Meyer.
Em fins de 1849, teve início a construção da nova matriz, benzida em 21 de novembro de 1857 e posteriormente transformada em catedral. Demolida esta, construiu-se outra para sede do Bispado.

Distrito criado, com a denominação de Pouso Alegre, por Alvará de 06-11-1810 e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891.
Elevado à categoria de vila, com a denominação de Pouso Alegre, pelo Decreto de 13-10-1831, sendo desmembrado de Campanha e com sede na antiga povoação de Pouso Alegre. Constituída do distrito sede e instalada em 07-05-1832.
Elevada à condição de cidade com a denominação de Pouso Alegre, pela Lei Provincial n.º 443, de 19-10-1848.
Pela Lei Provincial n.º 901, de 08-06-1858, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de Carmo da Borda da Mata e anexado ao município de Pouso Alegre.
Pela Lei Provincial n.º 1.654, de 14-09-1870, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de Nossa Senhora da Conceição da Estiva e anexado ao município de Pouso Alegre.
Pela Lei Provincial n.º 2.402, de 05-11-1877, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de Retiro e anexado ao município de Pouso Alegre.
Pela Lei Provincial n.º 2.650, de 04-11-1880, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de São José do Congonhal e anexado ao Pouso Alegre.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído de 4 distritos: Pouso Alegre, Carmo da Borda da Mata, São José do Congonhal e Nossa Senhora da Conceição da Estiva.
Pela Lei Estadual n.° 843, de 07-09-1923, é desmembrado do município de Pouso Alegre o distrito de Carmo da Borda da Mata, elevado à categoria de município com a denominação de Borda da Mata. Pela mesma Lei Estadual, o distrito de Nossa Senhora da Conceição da Estiva tomou a denominação de Estiva.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 3 distritos: Pouso Alegre, Estiva e São José do Congonhal. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 148, de 17-12-1938, o distrito de São José do Congonhal tomou a denominação de Congonhal.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943 o município é constituído de 3 distritos: Pouso Alegre, Congonhal e Estiva.
Pela Lei n.° 336, de 27-12-1948, é desmembrado do município de Pouso Alegre o distrito de Estiva, elevado à categoria de município. Pela mesma Lei é criado o distrito de Senador José Bento e anexado ao município de Pouso Alegre.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 3 distritos: Pouso Alegre, Congonhal e Senador José Bento
Pela Lei n.° 1.039, de 12-12-1953, são desmembrados do município de Pouso Alegre os distritos de Congonhal e Senador José Bento, para constituírem o novo município de Congonhal.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1971.
Pela Lei Estadual n.º 6.769, de 13-05-1976, é criado o distrito de São José do Pântano e anexado ao município de Pouso Alegre.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979 o município é constituído de 2 distritos: Pouso Alegre e São José do Pântano. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.