No início do século XVIII, o Governo incentivou a vinda de imigrantes na intenção de povoar as terras do Sul do Brasil, até então praticamente abandonadas e sujeitas a invasão dos castelhanos. Assim, muitos estrangeiros acabaram vindo para o sul do país, principalmente alemães, italianos e poloneses.
Em 25 de julho de 1824, chegaram os primeiros imigrantes alemães, provenientes da região do Hunsrück, na Real Feitoria do Linho Cânhamo, hoje São Leopoldo. A partir de 1826, após a chegada de mais mil imigrantes, se expandiram para a região ao norte de São Leopoldo, incluindo toda a atual área de Presidente Lucena.
As localidades de Linha Nova Baixa e Picada Schneider são as mais antigas do município.
Em Linha Nova Baixa, o início da colonização se deu por volta de 1830, pelas famílias de Daniel Kolling, Jacob Blauth, Pedro Link, Pedro Lamb, Frederico Schons, João Bender, Pedro Winter e Albino Kauer.
Picada Schneider surgiu em meados de 1845, quando a família de Peter Schneider se instalou na localidade.
A localidade de Nova Vila, antes chamada Nova Alemanha, foi colonizada depois de 1850, sendo a família de Guilherme Exner a pioneira.
A Sede Municipal, antes denominada de Arroio Veado, foi povoada bem mais tarde. Em 1885, o Governo Provincial do Rio Grande do Sul mandou proceder estudos para a construção de uma estrada que ligasse a cidade de São Leopoldo à Colônia de Nova Petrópolis. Essa estrada, que mais tarde passou a chamar-se de Estrada Presidente Lucena, foi aberta a partir da antiga rota deixada pelos tropeiros, utilizada para o escoamento do gado e, em 1888, a picada estava totalmente aberta. Durante a administração do Cel. Guilherme Gaelzer Neto, intendente de São Leopoldo de 1902 a 1916, a estrada recebeu importantes melhorias e em 1913 foi concluída a sua abertura, deixando-a em condições para o tráfego de automóveis em toda sua extensão de 57 quilômetros.
A origem do nome da localidade de Arroio Veado deve-se ao fato de certo dia, numa das levas de gado por esta região, um tropeiro viu no arroio da localidade, um veado. Na ocasião da emancipação escolheu-se o nome Presidente Lucena em função do nome da estrada e como homenagem ao Presidente da Província do Sul em 1885, tendo em vista que foi o mesmo quem começou a construir a referida estrada.

Elevado á categoria de município e distrito com a denominação de Presidente Lucena, pela Lei Estadual n.º 9.626, de 20-03-1992, desmembrado de Ivoti. Sede na localidade de Arroio do Veado. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.