A história da cidade tem início bem antes de 1917, ainda no século XIX, quando mineiros vieram para a região, depois que as minas de ouro se esgotaram, em busca de terras boas para a lavoura.
Aqui habitavam também índios da etnia Guarani, que eram divididos em 3 tribos: Caiuás, Xavantes, Caingangs (também conhecidos como Coroados). Com a invasão das terras pelos homens brancos, os povos indígenas iniciaram muitas lutas para defender suas terras, mas foram sendo derrotados e as tribos recuando para o Mato Grosso e norte do Paraná. Suas terras foram então ocupadas por posseiros. José Theodoro de Souza foi um dos primeiros que aqui chegou por volta de 1850.
Muita gente também veio para cá fugindo da convocação de tropas para a Guerra do Paraguai, e depois foram ficando e se estabelecendo, até que em 1893 foi aberto um caminho, ligando a povoação de Campos Novos do Paranapanema ao Rio Paraná, para chegar ao Mato Grosso.
Um dos homens conhecidos como colonizador de nossa cidade é o Coronel Francisco de Paula Goulart. Ele organizou um grupo de companheiros, em setembro de 1917, e veio de Campos Novos do Paranapanema até Indiana, de trem, onde pegou o trem de lastro, dos operários da ferrovia e chegou até a Memória (hoje Regente Feijó).
De lá, como não tinha trem, veio a pé pela Estrada Boiadeira até chegar ao Alto Tamanduá, perto da estação que estava sendo construída, e que seria a de Presidente Prudente (isso no dia 14 de setembro de 1917). Ele veio tomar posse da fazenda Pirapó-Santo Anastácio, que herdou da família, para se tornar fazendeiro e lotear terras que seriam vendidas para o plantio de café.
Além da mata, da Estrada Boiadeira, das tribos de índios e de alguns posseiros espalhados pela gleba de terra, encontrava-se aqui uma turma da Estrada de Ferro Sorocabana, que colocava os trilhos e o engenheiro que planejava a construção da linha férrea e da estação: João Carlos Fairbanks.
O Cel. Goulart pediu para Fairbanks demarcar uma avenida, bem na frente da estação, hoje a Avenida Washington Luiz, e daí surgiu uma vila, que serviu de centro de abastecimento para os colonos que estavam chegando e se fixando nos lotes vendidos pelo coronel, logo a cidade nasceu nas terras do Cel. Goulart, surgindo a Vila Goulart.
Dois anos depois, quando o trem chegou até aqui, veio outro fundador o Coronel José Soares Marcondes, acompanhado do Sr. Francisco Cunha, o Picadeiro, que era assim conhecido porque abria picadas na mata e demarcava lotes e abria estradas, enfim fazia a divisão das terras para que fossem vendidas. Essas antigas picadas viraram estradas que ligavam as propriedades com a linha férrea. Esses lotes foram surgindo na gleba Montalvão, cedida ao Coronel Marcondes pelo Sr. Amador Nogueira Cobra para a criação de um núcleo urbano. A Companhia Marcondes de Colonização, Indústria e Comércio criou uma vila, a Vila Marcondes, para abastecer de gêneros, criar escolas, trazer médicos para os novos habitantes do lugar.
A vinda da ferrovia da região de Sorocaba até o Sudoeste Paulista (nossa região) facilitou a chegada de mais colonos, atraídos pelas terras novas, e com isso foram se formando ao longo da linha férrea diversas vilas e povoações, que hoje são cidades, como Martinópolis, Indiana, Regente Feijó, Rancharia, Assis, Presidente Venceslau, Santo Anastácio e outras.
As duas vilas se uniram e toda a povoação recebeu vários nomes. Engraçados até... No início não era Presidente Prudente. O lugarejo antes chamava-se Alto Tamanduá. Depois ficou conhecido como Patrimônio do Veado, porque aqui passa o Córrego do Veado. Mas a população não gostava do nome e foi sugerido outro, Patrimônio da Anta, porque aqui tinha muitas delas. Esse nome virou piada, pois quem chegava era chamado de anta. Montalvão foi um terceiro nome, mas que durou pouco. Enfim a nova vila se tornou Vila Goulart.
Então finalmente a cidade recebeu o nome da estação ferroviária: Presidente Prudente, em homenagem ao Presidente Prudente de Morais, nosso primeiro presidente civil, batizada pelo filho dele, quando esteve aqui para inaugurar o tráfego dos trens.

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Presidente Prudente, pela Lei n.º 1798, de 28-11-1921, desmembrado do município de Campos Novos e Conceição de Monte Alegre. Sede no atual distrito de Presidente Prudente. Constituído do distrito sede. Instalado em 27-08-1923.
Pela Lei Estadual n.º 2.084, de 15-12-1925, é criado o distrito de Presidente Bernardes e anexado ao município de Presidente Prudente.
Pela Lei Estadual n.º 2.077, de 19-12-1925, é criado o distrito de Regente Feijó e anexado ao município de Presidente Prudente.
Pela Lei Estadual n.º 2.242, de 26-12-1927, é criado o distrito de Álvares Machado e anexado ao município de Presidente Prudente.
Pela Lei Estadual n.º 2.309, de 14-12- 1928, é criado o distrito de Anhumas e anexado ao município de Presidente Prudente.
Pela Lei n.º 2.392, de 20-12-1929, é criado o distrito de José Teodoro e anexado ao município de Regente Feijó.
Em divisão administrativa referente ao ano 1933, o município é constituído de 6 distritos: Presidente Prudente, Álvares Machado, Anhumas, José Teodoro, Presidente Bernardes e Regente Feijó.
Pelo Decreto n.º 6.638, de 31-08-1934, é criado o distrito de Indiana e anexado ao município de Presidente Prudente.
Pelo Decreto-lei n.º 6.771, de 12-10-1934, é criado o distrito de Formiga e anexado ao município de Regente Feijó.
Pelo Decreto-lei n.º 6.914, de 23-01-1935, é desmembrado do município de Presidente Prudente o distrito de Presidente Bernardes. Elevado à categoria de município.
Pelo Decreto n.º 7.262, de 28-06-1935, desmembra do município de Presidente Prudente os distritos de Regente Feijó, Indiana e José Teodoro, para constituir o novo município de Regente Feijó.
Pela Lei Estadual n.º 2.794, de 26-12-1936, é criado o distrito de Pirapozinho e anexado ao município de Presidente Prudente.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 6 distritos: Presidente Prudente, Álvares Machado, Anhumas, Formiga, Pirapozinho e Vila Marcondes.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 9.073, de 31-03-1938, o distrito de Via Marcondes passou a condição de zona do distrito sede do município de Presidente Prudente.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 9.775, de 30-11-1938, foram criados os distritos de Alfredo Marcondes, Coronel Goulart e Montalvão e anexados ao município de Presidente Prudente. O Decreto-lei acima citado transfere o distrito de Formiga do município de Presidente Prudente para Regente Feijó.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de constituído de 7 distritos: Presidente Prudente, Alfredo Marcondes, Álvares Machado, Anhumas, Coronel Goulart, Montalvão, Pirapozinho.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, foram criados os distritos de Eneida (ex-Vila Emilia) e Narandiba e anexados ao município de Presidente Prudente. O Decreto-lei acima citado desmembra do município de Presidente Prudente os distritos de Álvares Machado, Alfredo Marcondes e Coronel Goulart, para constituir o novo município de Álvares Machado.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 6 distritos: Presidente Prudente, Anhumas, Eneida, Montalvão, Narandiba e Pirapozinho.
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, é criado o distrito de Ameliópolis e anexado ao município de Presidente Prudente. A lei acima citada desmembra do município de Presidente Prudente os distritos de Pirapozinho e Narandiba, para constituir o novo município de Pirapozinho.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 5 distritos: Presidente Prudente, Ameliópolis, Anhumas, Eneida e Montalvão.
Pela Lei Estadual n.º 2.456, de 30-12-1956, é criado o distrito de Floresta do Sul com terras desmembradas do distrito de Eneida e anexado ao município de Presidente Prudente. A lei acima citada desmembra do município de Presidente Prudente o distrito de Anhumas. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 5 distritos: Presidente Prudente, Ameliópolis, Eneida, Floresta do Sul e Montalvão.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.