A história de Quirinópolis data de meados do século XIX, quando esta parte do sudoeste goiano era desabitada. A entrada dos primeiros desbravadores ocorreu em 1832, quando João Crisóstomo de Oliveira partiu com sua família e grande número de escravos de Ouro Preto (MG) e fixou residência instalando uma grande fazenda.
Em 1843, José Vicente de Lima e José Ferreira de Jesus doaram uma faixa de terra à Igreja Católica, originando o povoado de Abadia do Paranaíba, recebendo posteriormente o nome de Nossa Senhora D’Abadia. Em 1879, foi elevada à categoria de Freguesia, com o nome de Nossa Senhora D’Abadia ou Capelinha.
A primeira capela construída foi abandonada aos poucos por localizar-se em área de baixada. Em 1910, foi demolida por José Quirino Cardoso (daí Quirinópolis), que construiu a atual Velha Matriz com o auxílio do povoado. Foi elevada à categoria de cidade em 1943, desmembrando-se do município de Rio Verde.
As condições favoráveis viabilizaram a exploração agropastoril, que se constituiu com base para a implantação do município no decorrer do tempo. Um marco importante para o desenvolvimento socioeconômico de Quirinópolis foi em 1966 com a inauguração da Hidrelétrica de Cachoeira Dourada, decorrente da expansão da Pecuária e da Agricultura, que refletiram positivamente no crescimento das atividades do setor terciário.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, figura no município de Rio Verde o distrito de Quirinópolis. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Elevado à categoria de município com a denominação de Quirinópolis, pelo Decreto-lei Estadual n.º 8.305, de 31-12-1943, desmembrado de Rio Verde. Sede no antigo distrito de Quirinópolis, ex-povoado. Constituído do distrito sede.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído pelo distrito sede.
Pela Lei Municipal n.º 11, de 21-01-1950, é criado o distrito de Presidente Dutra (ex-povoado) de Mateira e anexado ao município de Quirinópolis.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 2 distritos: Quirinópolis e Presidente Dutra.
Pela Lei Estadual n.º 743, de 23-06-1953, desmembra do município de Quirinópolis o distrito de Presidente Dutra. Elevado à categoria de município com a denominação de Mateira.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Municipal n.º 315, de 24-08-1963, é criado o distrito de Gouvelândia e anexado ao município de Quirinópolis.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 2 distritos: Quirinópolis e Gouvelândia. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.
Pela Lei Estadual n.º 10.394, de 30-12-1987, é desmembrado do município de Quirinópolis distrito de Gouvelândia. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito-sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2020.