As terras que hoje fazem parte do município de Rio Bonito eram, na época de seu devassamento, habitadas pelos índios Tamoios e constituíam parte integrante da capitania de São Vicente. A história do desbravamento de seu território ainda é motivo de controvérsias entre seus historiadores, alguns dos quais aventam a hipótese de ter ele se verificado em consequência da viagem dos 'sete capitães', realizada em princípios do século XVII, enquanto que outros, recuando mais no tempo, buscam as origens do devassamento de Rio Bonito nos primórdios do século XVI, atribuindo-o aos expedicionários deixados por Américo Vespúcio, em 1503, na praia de Cabo da Rama, hoje enquadrada no território do município de Cabo Frio.
Consta ainda que os primeiros proprietários das terras de Rio Bonito tenham sido Paulo da Mota Duque Estrada, a quem foi concedida, em 14 de maio de 1751, uma sesmaria, formada de 'sobejos nas serras do Sambê e Catimbau', e Pedro de Souza Pereira, a quem couberam os 'campos detrás da serra Tapacurá, entre os rios de Caserabu e o Tanguá', em 22 de outubro de 1682. Quanto à possibilidade de terem esses dois donatários de sesmarias tentado colonizá-las ou mesmo desbravá-las, os historiadores se prolongam em controvérsias.
Todavia, o que ainda não sofreu contestação foi a notícia de datarem de 1755 as primeiras penetrações, conhecidas, em terras de Rio Bonito.

Distrito criado com a denominação de Nossa Senhora da Conceição do Rio do Ouro pela Provisão de 27-08-1768, e pelos Decretos Estaduais n.º 1, de 08-05-1892, e n.º 1-A, de 03-06-1892.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Nossa Senhora da Conceição do Rio do Ouro, pela Lei Provincial n.º 381, de 07-05-1846, sendo desmembrado do município de Saquarema e Silva Jardim. Sede na antiga vila de Nossa Senhora da Conceição do Rio do Ouro. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-10-1846.
Pelo Decreto Provincial n.º 955, de 17-09-1857, e pelos Decretos Estaduais n.º 1, de 08-05-1892, e n.º 1-A, de 03-06-1892, é criado o distrito de Boa Esperança e anexado à vila de Nossa Senhora da Conceição do Rio do Ouro.
Elevada à condição de cidade com a denominação de Rio Bonito, pelo Decreto Estadual n.º 37, de 16-01-1890.
Em divisão referente ao ano de 1911 o município é constituído de 2 distritos: Rio Bonito e Boa Esperança. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-Xll-1936 e 31-Xll-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.056, de 31-12-1943, o distrito de Boa Esperança passou a chamar-se Imbiara.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 2 distritos: Rio Bonito e Imbiara.
Pela Lei Estadual n.º 1.075, de 15-12-1950, o distrito de Imbiara voltou denominar-se Boa Esperança.
Em divisão territorial datada de l-Vll-1955, o município é constituído de 2 distritos: Rio Bonito e Boa Esperança. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-Vll-1960.
Pela Lei Estadual n.º 6.688, de 19-10-1971, é criado o distrito de Bazílio e anexado ao município de Rio Bonito.
Em divisão territorial datada de 31-Xll-1971, o município é constituído de 3 distritos: Rio Bonito, Bazílio e Boa Esperança. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.