Situada na Capitania de São Vicente, tinha a denominação de Leripe (que em tupi-guarani significa “Lugar de Ostra”) ou Seripe, sendo parte das terras da Sesmaria doada aos jesuítas pelo Capitão-Mor Governador Martins Corrêa de Sá em 20 de novembro de 1630. Esta faixa foi delimitada por dois marcos de pedra - Pitomas - colocados em Itapebussus e na barreta do Rio Leripe com a insígnia da Companhia de Jesus. Os Jesuítas foram responsáveis pelas primeiras construções na região como o Poço de Pedras do Largo de Nossa Senhora da Conceição e a antiga Igreja.
Conhecida então como Baía Formosa no século XIX, foi um próspero arraial e seu crescimento se deu ao redor da igreja e do Poço de Pedras. O Rio das Ostras era rota de tropeiros e comerciantes, mas no arraial já existiam internatos masculino e feminino, o Grande Hotel, o Posto de Polícia Provincial, a Igreja e o Poço do Largo, com água pura que jorrava a beira-mar.
A história de Rio das Ostras é comprovada por meio de relatos de antigos navegadores que por aqui passaram como o sapateiro da expedição de Villegagnon França-Antártica em 1510, Jean de Lery, o naturalista Augustin François César Prouvençal de Saint Hilaire, o Príncipe alemão Maximilian Alexander Philipp Zu Wied Neuwied e, em 1847, o Imperador D. Pedro II, que descansou a sombra da, hoje, centenária figueira a beira-mar, após ser recebido com bandas de música e folguedos, conforme noticiaram os jornais da época.

Distrito criado com denominação de Rio das Ostras, pelo Decreto-lei n.º 225, de 01-03- 1970. Sede no povoado de Rio das Ostras, desmembrado do distrito de Barra de São João, subordinado ao município de Casimiro de Abreu.
Em divisão territorial datada de 01-01-1979, o distrito de Rio das Ostras figura no município de Casimiro de Abreu.
Elevado à categoria de município com a denominação de Rio das Ostras, pela Lei Estadual n.º 1.984, de 10-04-1992, desmembrado de Casimiro de Abreu. Sede no antigo distrito de Rio das Ostras. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.
Pela Lei Estadual n.º 2.122, de 07-06-1993, é alterada a redação do Artigo 2º da Lei Estadual n.º 1.984, de 10-04-1992.
Em Síntese de 31-Xll-1994, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.