A região onde hoje se localiza o município de Rio Negro, até 1816, era habitada por índios Botocudos.
O lugarejo era conhecido como Sertão da Mata, lugar de pouso dos tropeiros e de registro fiscal das tropas no caminho de Sorocaba, em São Paulo, e Viamão, no Rio Grande do Sul.
Em 1816, o governo estabeleceu ali cinquenta casais de portugueses açorianos com o intuito de promover o povoamento da região. No entanto, a colonização efetiva da região somente se deu quando o governo da Capitania de São Paulo, para facilitar a comunicação entre São Paulo e o Rio Grande do Sul, determinou a construção da “Estrada da Mata”, ligando a Vila do Príncipe (Lapa), no Paraná, à Vila de Lages, Santa Catarina.
João da Silva Machado, mais tarde Barão de Antonina, foi supervisor das obras de construção da referida estrada, no local conhecido por Sertão da Mata, às margens do rio Negro. Em 21 de julho de 1826, ele fundou uma povoação denominada por Capela do Rio Negro, devido à construção da Capela da Mata do Caminho do Sul.
Em 26 de julho de 1828, por Provisão de Dom Manoel Joaquim Gonçalves de Andrade, Bispo de São Paulo, a povoação passou à condição de Capela Curada.
Em 1829, chegaram ao Rio Negro famílias alemãs, cuja chegada impulsionou a povoação construindo-se moradas em ambas as margens do rio e criando um movimento notável.
Nos anos de 1887 e 1888, chegaram os imigrantes bucovinos, colonos de origem germânica, com raízes étnicas na Bavária. Os bucovinos eram pessoas de costumes simples, católicos e de grande disposição para o trabalho na agricultura, pecuária e atividades madeireiras.
Em 1890, Rio Negro recebeu colonos poloneses, destinados à Colonia Lucena, então pertencente a Rio Negro.
Primitivamente, a cidade de Rio Negro ocupava as duas margens do rio, porém com o acordo de limites, celebrado em 1916 entre os Estados de Paraná e Santa Catarina, a parte da Cidade que ocupava a margem esquerda passou a pertencer ao Estado de Santa Catarina, e recebeu a denominação de Mafra, Rio Negro limitou-se à margem direita do rio.
A denominação do município deve-se a sua localização próxima ao rio do mesmo nome.

Freguesia criada com a denominação de Rio Negro (ex-povoado), por Lei Provincial de São Paulo n.º 17, de 28-02-1838, subordinado ao município de Lapa.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Rio Negro, por Lei Provincial n.º 219, de 02-04-1870, desmembrado do município de Lapa. Constituído do distrito sede. Instalado em 15-11-1870.
Elevado à categoria de cidade, por Lei Estadual n.º 210, de 01-12-1896.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 4 distritos: Rio Negro, Antônio Olinto, Campo Tenente e Piên.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 6.667, de 31-03-1938, o distrito de Antônio Olinto passou a denominar-se Divisa.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 7.573, de 20-10-1938, o distrito de Divisa voltou a denominar-se Antônio Olinto e foi transferido de Rio Negro para o município de Lapa. E ainda, Rio Negro adquiriu do município de Lapa o distrito de Pangaré (ex-Doce Fino).
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 4 distritos: Rio Negro, Campo do Tenente, Pangaré e Piên.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 4.338, de 25-01-1961, são desmembrados do município de Rio Negro os distritos de Campo Tenente e Piên, elevados à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 37, de 13-06-1961, é desmembrado do município de Rio Negro, o distrito de Pangaré, para constituir o novo município de Quitandinha.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.