Por volta de 1633, os jesuítas espanhóis estabeleceram-se no local onde hoje se situa o município de Rio Pardo, pouco depois, foram arrasados pelos bandeirantes de Raposo Tavares, apoiados por índios Tupis.
A colonização portuguesa só teve início cerca de um século depois, com o assentamento de casais açorianos.
Em vista da resistência oposta à comissão portuguesa demarcadora das fronteiras estabelecidas pelo Tratado de Madrid, foi erguida, em 1752, em local próximo à confluência do rio Pardo com o Jacuí, o forte Jesus-Maria-José.
Do fim do século 18 ao começo do século 19, Rio Pardo foi um dos núcleos mais importantes da então Capitania do Rio Grande do Sul, seja como praça militar ou entreposto comercial. Dali, partiam expedições militares para defender zonas ameaçadas pelos espanhóis ou para expandir os domínios da Coroa portuguesa.
Em 1715 o Capitão de Brito Peixoto explorou nossa região e batizou um dos nossos rios com o nome de Pardo, devido à cor pardacenta de suas águas.

Distrito criado com a denominação de Rio Pardo, por Provisão de 08-05-1769 e por Ato Municipal n.º 53, de 10-01-1898.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Rio Pardo, por Alvará de 27-04-1809. Constituído do distrito sede. Instalado em 20-05-1811.
Pelo Ato Municipal n.º 53, de 10-01-1898, foram criados os distritos Candelária, Capivari, Couto, Cruz Alta, Rincão Del Rei, Pedreiras da Aroeira e anexado a vila de Rio Pardo.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 6 distritos: Rio Pardo, Candelária, Capivari, Couto, Cruz Alta, Rincão Del Rei, Pedreiras da Aroeira.
Por Ato Municipal n.º 4, de 20-07-1925, desmembra do município de Rio Pardo o distrito de Candelária. Elevado à categoria de município.
Por Ato Municipal n.º 130, de 06-08-1927, é criado o distrito de João Rodrigues e anexado ao município de Rio Pardo.
Por Ato Municipal n.º 134, de 26-11-1929, é extinto o distrito de Couto, sendo seu território anexado ao distrito sede do município de Rio Pardo.
Por Ato Municipal n.º 2, de 24-12-1930, é criado o distrito de Garcia Ferraz e anexado ao município de Rio Pardo.
Por Ato Municipal n.º 9, de 14-01-1931, é recriado o distrito de Couto e anexado ao município de Rio Pardo.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 8 distritos: Rio Pardo, Capivari, Couto, Cruz Alta, Pedreiras da Aroeiras, João Rodrigues, Rincão Del Rei e Garcia Ferraz.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 8 distritos: Rio Pardo, Couto, Rincão Del Rei, Cruz Alta, Capivari, João Rodrigues, Garcia Ferraz e Pederneiras ex-Pedreiras da Aroeiras.
Pelo Decreto Estadual n.º 7.199, de 31-03-1938, o distrito de Couto passou a denominar-se Passo do Sobrado. Sob o mesmo decreto o distrito de Garcia Ferraz é extinto, sendo seu território anexado ao distrito de Capivari.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de Rio Pardo (zonas: Rio Pardo, Pederneiras, Bexiga (ex-Cruz Alta), Capivari, Passo do Sobrado (ex-Couto), Rincão Del Rei e João Rodrigues.
Pelo Decreto-lei n.º 720, de 29-12-1944, O distrito de Capivari tomou o nome de Capivarita o distrito de João Rodrigues é extinto, sendo seu território ao distrito de Rincão del Rei.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é composto dos distritos: Rio Pardo (zonas: Rio Pardo, Pederneiras, Bexiga, Capivarita (ex-Capivari), Passo do Sobrado e Rincão Del Rei.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 5 distritos: Rio Pardo, Bexiga, Capivarita, Passo do Sobrado e Rincão Del Rei.
Pela Lei Municipal n.º 11, de 11-08-1959, é criado o distrito de Albardão (ex-povoado) e anexado ao município de Rio Pardo.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 6 distritos: Rio Pardo, Albardão, Bexiga, Capivarita, Passo do Sobrado e Rincão Del Rei.
Pela Lei Municipal n.º 5, de 10-05-1984, alterada pela Lei Municipal n.º 28, de 29-06-1985, foram criados os distritos de João Rodrigues, com terras desmembradas dos distritos de Rincão Del Rei, Iruí, Passo do Adão e Pântano Grande, todos criados com área desmembrada do extinto distrito de Capivatita.
Pela Lei Estadual n.º 8.488, de 15-12-1987, desmembra do município de Rio Pardo o distrito de Pantano Grande. Elevado á categoria de município com área do extinto distrito de Capivarita.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 8 distritos: Rio Pardo, Albardão, Bexiga, Iruí, João Rodrigues, Passo do Sobrado, Passo do Adão, Rincão Del Rei.
Pela Lei Estadual n.º 9.545, de 20-03-1992, desmembra do município de Rio Pardo o distrito de Passo do Sobrado. Elevado à categoria de município.
Pela Lei n.º 38, de 13-09-1993, é criado o distrito de Passo de Areia e anexado ao município de Rio Pardo.
Em divisão territorial datada de 1999, o município é constituído de 8 distritos: Rio Pardo, Albardão, Bexiga, Iruí, João Rodrigues, Passo da Areia, Passo do Adão, Rincão Del Rei.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.