Em junho de 1884, os cearenses Ismael Galdino da Paixão e Domingos Pereira de Souza exploram esse pedaço do Juruá que vai do referido Estirão dos Náuas a embocadura do Juruá-Mirim. Esses excursionistas foram os primeiros que exploraram o rio com o fim de o povoar. Encontraram eles pelas cercanias do Rio Môa extensos bananais e grande número de índios, que os iam seguindo com o maior interesse, por terra. No meio do Estirão dos Náuas, justamente no local onde se encontrava a Sede do Seringal Buritizal, foram os viajantes à terra deparando com enorme maloca dos silvícolas chamados Náuas, os quais deram nome ao atual Estirão, onde hoje selocaliza a sede do município de Rodrigues Alves. Por volta de 1914 e 1916, passou a ser denominado Seringal Florianópolis, cujo proprietário era o coronel Francisco Carioca.
Neste seringal trabalhavam 6 famílias explorando a borracha natural, pois outra atividade o proprietário não permitia. Por volta de 1916 a 1920, o referido seringal foi vendido para o coronel Mâncio Lima e o mesmo doou uma parte do referido seringal para a implantação da colônia Rodrigues Alves, fazendo parte do município de Cruzeiro do Sul. Por volta de 1940, a colônia Rodrigues Alves contava com aproximadamente 25 famílias, que viviam da exploração da borracha e agricultura de subsistência.
Em 1960, a Petrobrás fez uma perfuração na busca de petróleo, nada foi confirmado, porém foram gerados vários empregos e a circulação de dinheiro aumentou, trazendo para a colônia mais famílias, nessa mesma época a colônia foi transformada em Vila de Cruzeiro do Sul e sendo administrada por um subprefeito. Em 1991, através de plebiscito a vila Rodrigues Alves passou a município, tendo sido realizadas em 1992 eleições para escolha de prefeito e vereadores.

Elevado à categoria de município com a denominação de Rodrigues Alves, pela Lei Estadual n.º 1.032, de 28-04-1992, alterado em seus limites pela Lei Estadual n.º 1.067, de 09-12-1992, desmembrado de Cruzeiro do Sul e Mâncio Lima. Sede no atual distrito de Rodrigues Alves (ex-localidade). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.
Em divisão territorial datada de 1997, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.