Desemboque foi o centro de onde partiram expedições várias a explora o sertão da Farinha Podre, atual Triangulo mineiro. Em uma dessas bandeiras, em 1808, partiu o vigário de Desemboque, Pe. Hermógenes Cassimiro de Araújo Branswick. Quando a expedição atingiu o rio Borá encontrou um bom número de garimpeiros e mineradores estabelecidos. Com o auxílio de todos, que se reuniram ao encontro da expedição, levantou Pe. Hermógenes um cruzeiro, ao pé do qual celebrou missa. Na sua volta, depois de explorar grande parte do Triângulo Mineiro, Pe. Hermógenes fez construir, no mesmo local onde se erguera o cruzeiro, um pequeno oratório dedicado ao Santíssimo Sacramento. Chegado ao Desmboque, requereu a Dom João licença para, naquele local, erguer uma capela. A provisão régia de 17 de dezembro de 1819 concedia licença para ereção da capela 'com o orago do Santíssimo Sacramento, apresentado pelo patrocínio de Maria, à margem do rio Borá'. O bispo de Goiás, Dom Francisco Pereira de Azevedo, à vista da provisão real, concedeu, a 20 de abril de 1820, licença ao Pe. Hermógenes, para benzer a pedra fundamental, construir a capela, benzê-la, ao mesmo tempo em que determinava instruções a respeito do patrimônio da mesma. Esre patrimônio foi logo constituído por doação de 214 alqueires de terras, avaliados, então, em 135 mil réis, pelo capitão Manoel Ferreira de Araújo e sua mulher, Joaquina Rosa de Santana. Conforme ata lavrada a 24 de agosto de 1820, o Pe. Hermógenes, acompanhado de seu codjutor, Pe. Silvério da Costa e Oliveira, que estava funcionando como capelão da de Santo Antônio e São Sebastião de Uberaba, leu as provisões, e, com a provação de todos os moradors, foi assinalado, para construção da capela, 'o mesmo lugar em que está fundado o oratório'. O oratório foi, desde logo, declarado Capela Curada.
Logo se formou o povoado que, por lei nº 804, de três de julho de 1857, foi elevado a categoria de freguesia. O primeiro vigário Pe. Antônio Lisboa Lima. (Anuário Eclesiástico de Uberaba).
Com a denominação de Santíssimo Sacramento, foi criada a vila e o município, desmembrado do de Araxá, pela lei nº 1.637, de 13 de setembro de 1870.
Com a mesma denominação de Santíssimo Sacramento, foi a vila elevada a categoria de cidade, pela lei nº 2.216, de três de junho de 1876.
Na divisão administrativa de 1911, a cidade figura com o nome de Sacramento. Fica na zona do alto Paranaíba. O município é constituído de dois distritos: Sacramento e Desemboque.