Com o surgimento das primeiras famílias por volta de 1951, iniciou-se a colonização da região onde se localiza o Município de Salto do Lontra. A origem do nome deve-se a inúmeras lontras encontradas nas imediações do rio Lontra e, próximo do povoado, à existência de um salto, o que provocou uma associação entre o salto e as lontras.

Criado através da Lei Estadual nº 4823, de 18 de fevereiro de 1964, e instalado em 13 de dezembro do mesmo ano, foi desmembrado de Francisco Beltrão