A região onde se insere a cidade de Salto está entre as primeiras no processo de penetração do território, desde a segunda metade do século XVI. Registros históricos dão conta da presença de uma aldeia dos índios guaianás ou guaianazes, do tronco Tupi-Guarani, nas imediações da cachoeira, à qual chamavam Ytu Guaçu, Salto Grande em língua nativa. Esses índios, assim como outros das margens do Tietê, foram repelidos ou aprisionados nas investidas das primeiras bandeiras paulistas, que os levaram para abastecer de mão-de-obra as roças nas vilas do planalto.
O rio Tietê foi, desde o início, indicador natural de caminhos para exploradores, missionários e autoridades coloniais. A cachoeira, hoje cercada pelo centro da cidade de Salto, aparece em mapa primitivo do governador espanhol Luís de Céspedes Xeria, nos primeiros anos do século XVII. Também ao seu redor a grande bandeira de Nicolau Barreto, em 1601, aldeou grande número de indígenas cativos. E foi a uma légua do salto que Domingos Fernandes e seu genro, Cristóvão Diniz, saídos de Santana de Parnaíba, fundaram o povoado de Nossa Senhora da Candelária do Ytu Guaçu, a atual cidade de Itu, em 1610.
Já no final do século XVII, o atual território de Salto era uma propriedade particular, o Sítio Cachoeira, parte de sesmaria da Capitania de São Vicente, adquirido pelo capitão Antônio Vieira Tavares (sobrinho do bandeirante Raposo Tavares) e de sua mulher, Maria Leite. O capitão obteve permissão para construir e mandar benzer uma capela em seu sítio, que o livrasse de ir a Itu para assistir missa. A bênção do templo e a primeira celebração deram-se em 16 de junho de 1698, data que é considerada como a de fundação da cidade de Salto. Por disposição testamentária, no ano de 1700, o casal fez a doação de suas terras, escravos e índios à Capela de Nossa Senhora do Monte Serrat. A localidade, com poucas casas e lavoura circundante, permaneceria por bom tempo na condição de bairro rural da vila de Itu.
Com o descobrimento de ouro em Cuiabá, no início do século XVIII, a região ituana funcionou como trampolim para aquelas regiões interiores da colônia. Nos seus arredores eram organizadas as monções, expedições fluviais que abasteciam de víveres as minas, levavam e traziam homens e garantiam o fluxo do ouro. Parte dos capitais gerados com a atividade mineradora foi aplicada na compra de terras, escravos negros, plantio de vastos canaviais e montagem de engenhos, a partir de meados do século XVIII. O povoado de Salto de Ytu, como então se chamava, passou a integrar o quadrilátero do açúcar (delimitado por Mogi-Guaçu, Jundiaí, Sorocaba e Piracicaba), a mais rica região produtora daquele produto em São Paulo, situação que se estendeu pela primeira metade do século XIX. Nesta altura, havia mais de quatrocentos engenhos de açúcar e aguardente em São Paulo, cem dos quais na região ituana.
Foi o capital acumulado com a lavoura da cana-de-açúcar e, em menor escala, do café e do algodão, que propiciou o despertar do lugarejo, na segunda metade do século XIX. A posição geográfica privilegiada, junto à queda d’água, foi fator decisivo para os primeiros investimentos fabris, assim como a chegada da ferrovia, com a instalação dos trilhos da Companhia Ituana de Estrada de Ferro, em 1873. Nesse mesmo ano, o empresário José Galvão da França Pacheco Júnior inaugurou a primeira fábrica de tecidos na margem direita do Tietê, batizando-a de Júpiter. Pouco depois, em 1882, o dr. Francisco Fernando de Barros Júnior, político republicano cognominado Pai dos Saltenses, inaugurou a sua tecelagem, à qual deu o nome de Fortuna, poucos metros mais abaixo daquela pioneira. Em 1885, seria a vez da Fábrica de Meias de José P. Tibiriçá, e, em 1887, a Fábrica de Tecidos Monte Serrat, de Octaviano Pereira Mendes. Ainda no último ano da monarquia, 1889, inaugurava-se na margem oposta do rio a primeira fábrica de papel da América Latina, de Melchert & Cia.
A esse despertar industrial correspondeu o aporte de trabalhadores europeus, desviados em parte da lavoura do café e de outros produtos. No caso saltense, foram sobretudo italianos, atraídos em grande número pelas tecelagens, mas fixando-se também em pequenas propriedades rurais e no comércio miúdo pela cidade. Mesmo o capital italiano se fez presente, já que as duas fábricas pioneiras acabaram se aglutinando numa unidade maior e transferindo-se para a propriedade de europeus, através da Società per l´Esportazione e per l´Industria Italo-Americana. Pouco depois, em 1919, esta daria lugar à Brasital, indústria que marcou a vida da comunidade por décadas, como maior empregadora e responsável pelo surgimento de vilas operárias e de todo um modo de vida, com profundas raízes na cultura local.
No campo político, a chegada da República coincidiu com a separação do município de Itu, passando a cidade a ter autonomia administrativa. O nome foi simplificado para Salto já em 1917.
A entrada do século XX trouxe mais indústrias e benefícios como a iluminação elétrica, os serviços de água e esgoto, telefone, o primeiro grupo escolar, bandas de música e a segunda usina hidrelétrica instalada no rio Tietê, a de Lavras, construída a partir de 1904. Pelos anos seguintes, a cidade, dada a concentração de indústrias, passa a merecer o apelido de Pequena Manchester Paulista, em referência ao centro industrial britânico.
Um segundo surto industrial verificou-se na década de 1950, quando isenções de impostos atraíram empresas de porte considerável para a época, como a Eucatex, Emas, Picchi e Sivat, que juntas chegaram a oferecer mais de 3.500 empregos, firmando de vez o perfil industrial da cidade. Esse caminho teve seguimento já nos anos 1970, com a criação de distritos industriais e novos incentivos à vinda de indústrias. Cerca de vinte unidades se instalaram no município, justificando a chegada de grandes contingentes de migrantes provenientes de vários estados da Federação, com destaque para os paranaenses. O surgimento de novos bairros, em ritmo acelerado, alterou a paisagem e, em grande parte, o ritmo de vida e as características sócio-culturais da cidade.

Distrito criado com a denominação de Salto de Itu, pela Lei Provincial n.º 123, de 22-04-1885, subordinado ao município de Itu.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Salto de Itu, pela Lei Provincial n.º 68, de 27-03-1889, desmembrado do município de Itu. Sede no atual distrito de Salto de Itu (ex-povoado). Constituído do distrito sede. Instalado em 27-03-1890.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Salto do Itu, pela Lei Estadual n.º 1.038, de 19-12-1906.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município de Salto de Itu é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 1.593, de 29-12-1917, o município de Salto de Itu passou a denominar-se simplesmente Salto.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município de Salto é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2005.