Em 27 de agosto de 1729 o bandeirante Manoel Dias da Silva alojou-se em um sitio e em agradecimento a Deus por encontrar muito ouro, ergueu uma grande cruz, na qual escreveu: “Viva el Rei de Portugal”, e afirmou que aquele seria o futuro arraial de Santa Cruz.
As primeiras habitações foram construídas junto à cruz erguida e também à capela de Nossa Senhora da Conceição, padroeira da cidade.

Distrito criado com a denominação de Santa Cruz (ex-arraial), por Alvará de 21-09-1759.
Elevado à vila com a denominação de Santa Cruz, pela Resolução do Conselho do Govêrno, de 01-04-1833. Instalado em 08-12-1933.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Santa Cruz, pela Lei Provincial n.º 735, de 29-08-1884.
Pela Lei Municipal n.º 26, de 30-03-1906 é criado o distrito de Sapé e anexado ao município de Santa Cruz.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 2 distritos: Santa Cruz e Sapé.
Pela Lei Municipal n.º 66, de 23-08-1924, é criado o distrito de Pires do Rio e anexado ao município de Santa Cruz.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 4 distritos: Santa Cruz, Cristianópolis, Pires do Rio e Sapé.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 557, de 30-03-1938, Pires do Rio passa à condição de sede e Santa Cruz rebaixado à categoria de distrito.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito Santa Cruz permanece no município de Pires do Rio.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 8.305, de 31-12-1943, o distrito de Santa Cruz passou a denominar-se Corumbalina.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Santa Cruz de Goiás, pelo Artigo n.º 61, do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias de 20-07-1947, desmembrado de Pires do Rio. Sede no atual distrito de Santa Cruz de Goiás (ex-Corumbalina). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1949.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.