As origens do primitivo bairro de Santa Cruz assentam-se na criação de uma sesmaria concedida a Antunes Cardia, em 1818, por D. João VI, a que daria origem ao povoamento de Lençóis Paulista.
Daquela vila, conhecida como Boca do Sertão, partiriam, por volta de 1850, José Theodoro de Souza, e mais tarde, Joaquim Manuel de Andrade e Manoel Francisco Soares, os primeiros sertanistas mineiros, desbravadores do Sertão do Paranapanema, colonizadores do distante bairro de Santa Cruz, habitado pelos índios coroados.
Uma grande cruz plantada às margens de um pardacento rio, iluminada, à noite, com tochas e velas, para espantar os índios, daria origem ao nome do nascente lugarejo e futura cidade: Santa Cruz do Rio Pardo.
Nos primeiros anos do século transformara-se em grande exportadora de café, tendo a Estrada de Ferro Sorocabana como sua principal artéria de vitalidade econômica.

Distrito criado com a denominação de Santa Cruz do Rio do Pardo, pela Lei Provincial n.º 71, de 20-04-1872.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Santa Cruz do Rio do Pardo, pela Lei Provincial n.º 6, de 24-02-1876, desmembrado do município de Lençóis. Sede na antiga vila de Santa Cruz do Rio Pardo.
Pela Lei Estadual n.º 205, de 06-06-1891, é criado o distrito de Óleo e anexado a vila de Santa Cruz do Rio Pardo.
Pela Lei Estadual n.º 187, de 23-08-1893, Santa Cruz do Pardo adquiriu do município de Piraju o distrito de Ilha Grande.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Santa Cruz do Rio do Pardo, pela Lei Estadual n.º 1.038, de 19-12-1906.
Pela Lei Estadual n.º 1.172, de 22-10-1909, é criado o distrito de Irapé e anexado ao município de Santa Cruz do Rio do Pardo.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 4 distritos: Santa Cruz do Rio Pardo, Óleo, Ilha Grande e Irapé.
Pela Lei Estadual n.º 1.570, de 06-12-1917, é criado o distrito de Bernardino de Campos e anexado ao município de Santa Cruz do Rio Pardo.
Pela Lei Estadual n.º 1.554, de 08-10-1917, o distrito de Irapé tomou a denominação de Chavantes.
Pela Lei Estadual n.º 1.576, de 14-12-1917, desmembra do município de Santa Cruz do Rio Pardo o distrito de Óleo. Elevado à categoria de município.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de I-IX-1920, o município é constituído de 3 distritos: Santa Cruz do Rio Pardo, Bernardino de Campos e Chavantes (ex-Irapé).
Pela Lei Estadual n.º 1.885, de 04-12-1922, desmembra do município de Santa Cruz do Rio Pardo o distrito de Chavantes. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 1.929, de 09-10-1923, desmembra do município de Santa Cruz do Rio Pardo o distrito de Bernardino de Campos. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 2.366, de 07-11-1929, é criado o distrito de Sodrélia e anexado ao município de Santa Cruz do Rio Pardo.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 2 distritos: Santa Cruz do Rio Pardo e Sodrélia.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 3 distritos: Santa Cruz do Rio Pardo, Espírito Santo do Turvo e Sodrélia.
Pelo Decreto Estadual n.º 9.775, de 30-11-1938, o distrito de Espírito Santo do Turvo tomou a denominação de Rio Turvo.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 3 distritos: Santa Cruz do Rio Pardo, Rio Turvo (ex-Espírito Santo do Turvo) e Sodrélia.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, foram criados os distritos de Caporanga e Clarínia e anexados ao município de Santa Cruz do Rio Pardo.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 5 distritos: Santa Cruz do Rio Pardo, Caporanga, Clarínia, Rio Turvo e Sodrélia.
Pela Lei Estadual n.º 2.456, de 31-12-1953, o distrito de Rio Turvo voltou a denominar-se Espírito Santo do Turvo.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 5 distritos: Santa Cruz do Rio Pardo, Caporanga, Clarínia, Espírito Santo do Turvo (ex-Rio Turvo) e Sodrélia.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Pela Lei Estadual n.º 6.645, de 09-01-1990, desmembra do município de Santa Cruz do Rio Pardo o distrito de Espírito Santo do Turvo. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 4 distritos: Santa Cruz do Rio Pardo, Caporanga, Clarínia e Sodrélia.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.