O município de Santa Cruz do Sul firma suas origens na antiga colônia de Santa Cruz criada a partir de 1847 no Município de Rio Pardo, Distrito de Serra do Botucaraí, entre a margem esquerda do rio Pardo e o arroio Taquarimirim.
Sua fundação resultou do propósito da Câmara Municipal de Rio Pardo, então próspero centro de comércio, de estabelecer comunicação com a zona serrana da Província para atrair o comércio àquela região.
Aberta a estrada, o governo da Província concedeu, em 1847, sesmarias a João Faria da Rosa e outros. Foram demarcados os primeiros lotes na Picada ou Linha Santa Cruz (antigo rincão de Santo Antônio), destinados a imigrantes alemães. Procedeu à medição das terras o engenheiro Francisco Augusto de Vasconcelos Almeida Pereira Cabral, auxiliado por João Guilherme Werlang.
A 19 de dezembro de 1849, iniciou-se o povoamento da colônia, sendo distribuídos lotes a Augusto Wutke, Frederico Tietze, Augusto Mandler, Gottlieb Pohl, Augusto Raffler e Augusto Arnold, provenientes da Silésia e da Prússia. Estes já encontraram, no Faxinal de João Faria, além deste, Gregório Silveira, José Rodrigues de Almeida e Agostinho Antônio de Barros. Em casa de João Faria Rosa eram acolhidos e abrigados os colonos recém-chegados, enquanto não ocupavam os seus lotes.
Nos dois anos subseqüentes chegaram novos imigrantes; servia como intérprete João Beckenkamp, função mais tarde desempenhada por Frederico Bruck.
Santa Cruz tornou-se uma das colônias mais prósperas do Sul do País. Face a esse desenvolvimento, tratou o governo provincial de escolher o local para a futura povoação, feito o que, promulgou lei de 25 de novembro de 1852, desapropriando parte da antiga propriedade de João Faria Rosa, então pertencente ao Comendador Antônio Martins da Cruz Jobim.

Distrito criado com a denominação de Santa Cruz, pela Lei Provincial n.º 432, de 08-01-1859. Subordinado ao município de Rio Pardo.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Santa Cruz, pela Lei Provincial n.º 1079, de 31-03-1877, desmembrado do município de Rio Pardo. Sede na antiga vila de Santa Cruz. Constituído do distrito sede Instalado em 30-09-1878.
Por Ato Municipal n.º 10, de 03-02-1896, é criado o distrito de Pinhal a e anexado a vila de Santa Cruz.
Pela Lei Provincial n.º 1.814, de 28-06-1889, e Ato Municipal n.º 10, de 03-02-1896, é criado o distrito de Vila Teresa e anexado a vila de Santa Cruz.
Por Ato Municipal n.º 102, de 05-04-1905, é criado o distrito de Estância e anexada a vila de Santa Cruz.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Santa Cruz, pelo Decreto Estadual n.º 837, de 19-11-1905.
Por Ato Municipal n.º 113, de 30-12-1907, é criado o distrito de Monte Alverne e anexado ao município de Santa Cruz.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece constituído de 6 distritos: Santa Cruz, Estância, Herval, Monte Alverne, Pinhal e Vila Teresa.
Assim permanecendo nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920.
Por Ato Municipal n.º 253, de 11-01-1923, é criado o distrito de Sinimbu e anexado ao município de Santa Cruz.
Por Ato Municipal n.º 272, de 15-12-1924, é criado o distrito de Trombudo e anexado ao município de Santa Cruz.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 8 distritos: Santa Cruz, Estância, Herval, Monte Alverne, Pinhal, Sinimbu, Trombudo e Vila Teresa.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 8 distritos: Santa Cruz, Estância, Herval São João (ex-Herval), Monte Alverne, Pinhal, Sinimbu, Trombudo e Vila Teresa.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 7.199, de 31-03-1938, os distritos de Estância, Herval São João e Vila Teresa tomaram as denominações, respectivamente, Sete Léguas, Erveiras e Teresa.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 7 distritos: Santa Cruz, Erveiras (ex-Herval São João), Monte Alverne, Sete Léguas (ex-Estância), Sinimbu, Teresa (ex-Vila Teresa) e Trombudo.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 720, de 29-12-1944, o município de Santa Cruz tomou a denominação de Santa Cruz do Sul.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 7 distritos: Santa Cruz do Sul (ex-Santa Cruz), Erveiras, Monte Alverne, Sete Léguas, Sinimbu, Teresa e Trombudo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Pela Lei Municipal n.º 214, de 02-06-1953, o distrito de Sete Léguas tomou o nome de Serafim Schmidt.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 7 distritos: Santa Cruz do Sul (ex-Santa Cruz), Erveiras, Monte Alverne, Sete Léguas, Serafim Schmidt (ex-Sete Léguas), Sinimbu, Teresa e Trombudo.
Pela Lei Municipal n.º 442, de 19-07-1956, é criado o distrito de Gramado Xavier (ex-povoado), com território desmembrado do distrito de Serafim Schmidt e anexado ao município de Santa Cruz do Sul.
Pela Lei Municipal n.º 15, de 09-11-1956, é criado o distrito de Rio Pardinho e anexado ao município de Santa Cruz do Sul.
Pela Lei Municipal n.º 2, de 20-05-1957, é criado o distrito de Formosa e anexado ao município de Santa Cruz do Sul.
Pela Lei Municipal n.º 2, de 31-03-1958, é criado o distrito de Boa Vista e anexado ao município de Santa Cruz do Sul.
Pela Lei Municipal n.º 3, de 28-07-1958, é criado o distrito de Linha Santa Cruz e anexado ao município de Santa Cruz do Sul.
Pela Lei Municipal n.º 10, 29-12-1958, é criado o distrito de Paredão e anexado ao município de Santa Cruz do Sul.
Pela Lei Estadual n.º 3.697, de 30-01-1959, é desmembrado do município de Santa Cruz do Sul o distrito de Teresa. Elevado à categoria de município com a denominação de Vera Cruz.
Pela Lei Municipal n.º 2, de 20-04-1959, é criado o distrito de Fontoura Gonçalves e anexado ao município de Santa Cruz do Sul.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 13 distritos: Santa Cruz do Sul (ex-Santa Cruz), Boa Vista, Erveiras, Fontoura Gonçalves, Formosa, Gramado Xavier, Linha Santa Cruz, Monte Alverne, Paredão, Rio Pardinho, Serafim Schmidt, Sinimbu e Trombudo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.
Pela Lei Municipal n.º 2.103, de 17-11-1987, é criado o distrito de Pinhal (ex-localidade de Pinhal de Santo Antônio), com terras desmembrada do distrito de Erveiras e anexado ao município de Santa Cruz do Sul.
Pela Lei Municipal n.º 2.186, de 09-11-1988, é criado o distrito de Alto Paredão (ex-localidade), com terras desmembrada do distrito de Monte Alverne e anexado ao município de Santa Cruz do Sul.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 13 distritos: Santa Cruz do Sul (ex-Santa Cruz), Alto Paredão, Boa Vista, Erveiras, Fontoura Gonçalves, Formosa, Gramado Xavier, Linha Santa Cruz, Monte Alverne, Pinhal, Paredão, Rio Pardinho, Serafim Schmidt, Sinimbu e Trombudo.
Pela Lei Estadual n.º 9.578, de 20-03-1992, é desmembrado do município de Santa Cruz do Sul o distrito de Gramado Xavier. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Municipal n.º 2.631, de 22-07-1994, é criado o distrito de São Martinho (ex-localidade) e anexado ao município de Santa Cruz do Sul.
Pela Lei Municipal n.º 2.691, de 20-12-1994, é criado o distrito de Saraiva e anexado ao município de Santa Cruz do Sul.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 14 distritos: Santa Cruz do Sul, Alto Paredão, Boa Vista, Fontoura Gonçalves, Formosa, Linha Santa Cruz, Monte Alverne, Pinhal, Paredão, Rio Pardinho, São Martinho, Saraiva, Serafim Schmidt e Trombudo.
Pela Lei Estadual n.º 9.578, de 20-03-1992, é desmembrado do município de Santa Cruz do Sul o distrito de Gramado Xavier. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 9.599, de 20-03-1992, é desmembrado do município de Santa Cruz do Sul o distrito de Trombudo. Elevado à categoria de município com a denominação de Vale do Sol.
Pela Lei Estadual n.º 9.614, de 20-03-1992, é desmembrado do município de Santa Cruz do Sul os distritos de Sinimbu e Herveiras, para constituir o novo município de Sinimbu.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 7 distritos: Santa Cruz do Sul, Alto Paredão, Boa Vista, Monte Alverne, Rio Pardinho, Saraiva e São Martinho.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Pela Lei n.º 5.433, 18-06-2008, é criado o distrito de São José da Reserva e anexado ao município de Santa Cruz do Sul.
Em divisão territorial datada de 2009, o município é constituído de 7 distritos: Santa Cruz do Sul, Alto Paredão, Boa Vista, Monte Alverne, Rio Pardinho, Saraiva, São José da Reserva e São Martinho.
Assim permanecendo em divisão territorial de 2014.