Em 1920, o major inglês John Byac Paget que representava uma companhia petrolífera que teria interesse na região devido a bacia do rio Paraná que teria características à formação de jazidas petrolíferas, comprou 32 mil alqueires da antiga Fazenda São José da Ponte Pensa. A área ficava mais ao Norte do Estado de São Paulo, nas divisas dos estados de Minas Gerais e Mato Grosso do Sul.
Para garantir a posse da terra, o major, que nunca veio ao Brasil, colocou 79 famílias no local. Mas em 1946, com a promulgação da Constituição, ficou estabelecido que o subsolo era propriedade da União. No mesmo ano, a Companhia Agrícola de Imigração e Colonização (Caic), que conhecia os planos de expansão da antiga Estrada de Ferro Araraquarense (EFA), que eram chegar às barrancas do rio Paraná e depois seguir rumo a Cuiabá (MT), comprou os 32 mil alqueires. Em maio do mesmo ano, a Caic abriu a estrada boiadeira para atingir o rio Paraná, no Porto Taboado, para fazer um estudo geo-econômico da região.
Com a crise econômica pós-guerra, diretores da EFA, preocupados com o pagamento de dividendos aos acionistas, compraram 30 mil alqueires da Caic e lotearam o latifúndio em pequenas áreas e venderam a prazo. Eles demarcaram 600 alqueires, sendo 100 para a edificação da cidade e o restante para chácaras. O objetivo foi povoar a região com pequenos lavradores que iriam produzir, pois assim a ferrovia teria o que transportar, dessa forma o lucro retornaria ao final de cada ano. Derrubado o mato, em setembro de 1946, foram abertas as primeiras ruas e o espanhol Salvador Martins, no extremo da primeira avenida, construiu uma casinha de tijolos, onde estabeleceu uma casa comercial.
O nome da cidade foi objeto de inúmeras sugestões, sendo escolhido Santa Fé, por coincidir com as iniciais de Sales Filho. A partícula do Sul foi acrescentada por lei, pois havia no Norte do Brasil uma vila com o mesmo nome.

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Santa Fé do Sul, pela Lei Estadual n.º 2.456, de 30-12-1953, desmembrado dos municípios de municípios de Jales e Pereira Barreto. Sede no atual distrito de Santa Fé do Sul (ex-povoado). Constituído de 6 distritos: Santa Fé do Sul, Rubinéia, Santa Clara d’Oeste, Santa Rita d’Oeste, Santana da Ponte, todos criados pela Lei do Município acima citada. E, ainda adquiriu do município de Jales o distrito de Três Fronteiras. Instalado em 01-01-1955.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 6 distritos: Santa Fé do Sul, Rubinéia, Santa Clara d’Oeste, Santa Rita d’Oeste, Santana da Ponte e Três Fronteiras.
Pela Lei Estadual n.º 5.285, de 18-02-1959, é desmembrado do município de Santa Fé o distrito de Três Fronteiras. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 5 distritos: Santa Fé do Sul, Rubinéia, Santa Clara d’Oeste, Santa Rita d’Oeste e Santana da Ponte.
Pela Lei Estadual n.º 8.092, de 28-02-1964, são desmembrados do município de Santa Fé do Sul os distritos de Rubinéia, Santa Clara d´Oeste, Santa Rita d’Oeste, Santana da Ponte, elevados à categoria de município, sendo que Santana da Ponte com a denominação de Santana da Ponte Pensa.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2023.