Duas histórias são contadas nos registros históricos para explicar a origem do nome do município. A primeira vinculada à devoção e culto à Santa Izabel, rainha católica de Portugal canonizada, cuja imagem foi levada por um imigrante ao local. A segunda atribuída às virtudes de uma escrava chamada Isabel que, segundo os relatos orais, teria chegado ao povoado acompanhando um dos imigrantes e que, com a dedicação para com o seu senhor e para com o resto dos habitantes, passou a ser chamada de santa.
Santa Izabel do Pará já foi povoado do município de Belém, sendo posteriormente reconhecida como vila.
No dia 24 de fevereiro de 1905 foi inaugurada na vila uma agência do Telégrafo Nacional, ampliando a infra-estrutura física do lugar, que já contava com um mercado público e um grupo escolar.

Nos quadros de apuração de Recenseamento Geral I-IX-1920 figura no município de Belém o distrito de Santa Isabel.
Elevado à categoria de vila, com a denominação de Santa Isabel, pelo Decreto Estadual n.º 565, de 30-12-1931, sendo desmembrado do município de Belém e tendo como sede a antiga vila de Santa Isabel. Instalado em 02-01-1932.
Pelo Decreto Estadual n.º 600, de 28-01-1932, a vila de Santa Isabel foi extinta, sendo seu território anexado no município de Belém.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, Santa Isabel aparece como município e é constituído do distrito sede.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 7 distritos: Santa Isabel, Americano, Ananindeua, Araci, Benevides, Benfica e Caraparu.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 2.972, de 31-03-1938, é criado o distrito de Araci e anexado ao município de Santa Isabel.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 3.131, de 31-10-1938, são desmembrados do município de Santa Isabel os distritos de Ananindeua, Benfica e Engenho Araci, sendo anexados ao município de Belém.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948, o município aparece constituído de 4 distritos: Santa Isabel, Americano, Benevides e Caraparu.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 4.505, de 30-12-1943, o município de Santa Isabel passou a denominar-se João Coelho e, ainda sob o mesmo decreto, é desmembrado do município de João Coelho o distrito de Benevides, para constituir o novo município de Ananindeua.
Em divisão territorial datada 1-VII-1950, o município é constituído de 3 distritos: João Coelho, Americano e Caraparu. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 2.160, de 10-01-1961, o município de João Coelho passou a denominar-se Santa Izabel do Pará (assim grafado na Lei).
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: Santa Izabel do Pará, Americano e Caraparu.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.