A primeira penetração do território de Santa Quitéria do Maranhão, antigo Bacuri, foi feita por colonos vindos dos vizinhos municípios de São Bernardo e Brejo, que desde 1700 iam chegando a estas paragens à procura de terras para a lavoura.
Em 1886, os irmãos Marcolino e Alexandre Francisco Rodrigues, sob a iniciativa do primeiro, construíram, no lugar que é hoje a sede do município, o primeiro armazém para exportação dos produtos de suas fazendas, surgindo, assim, um porto. Como afluísse rapidamente uma população numerosa ao novo porto, formou-se, aí, próspera povoação.
Até 1912 foi esse local causa de várias divergências entre os municípios de Brejo e São Bernardo, sendo a povoação repartida igualmente entre os dois municípios para a cobrança dos impostos. Nesse mesmo ano de 1912, porém, resolveu o Governo do Estado criar o município e termo de Santa Quitéria.

Distrito criado com a denominação de Santa Quitéria, pela Lei Municipal n.º 30, de 26-09-1910, subordinado ao município de São Bernardo do Paraíba.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito de Santa Quitéria figura no município de São Bernardo do Parnaíba.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Santa Quitéria, pela Lei Estadual n.º 622, de 16-04-1912, desmembrado do município de São Bernardo do Parnaíba. Sede no atual distrito de Santa Quitéria. Constituído do distrito sede.
Pelo Decreto Estadual n.º 75, de 22-04-1931, o município de Santa Quitéria adquiriu o extinto município de São Bernardo (ex-São Bernardo do Parnaíba), como simples distrito.
Pelo Decreto Estadual n.º 235, de 07-01-1932, é extinto o município de Santa Quitéria. Sob o mesmo Decreto é recriado o município de São Bernardo, sendo anexado o distrito de Santa Quitéria ao município de São Bernardo, como simples distrito.
Pelo Decreto Estadual n.º 539, de 16-12-1933, é extinto o município de São Bernardo, sendo seu território anexado ao município de Brejo.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, Santa Quitéria figura com distrito no município de Brejo.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Santa Quitéria, pelo Decreto Estadual n.º 875, de 15-07-1935, desmembrado de Brejo.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído do distrito sede.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 820, de 30-12-1943, o município de Santa Quitéria passou a denominar-se Bacuri.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município já denominado Bacuri é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 269, de 31-12-1948, o município de Bacuri voltou a denominar-se Santa Quitéria do Maranhão.
Em divisão territorial datada de 15-VII-1960, o município já denominado Santa Quitéria do Maranhão é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2021.