Em 1557, nasceu e cresceu à margem do Rio Taripe, nas proximidades do mar, a povoação de Santo Amaro. Aí viveram os colonizadores, por vários anos, construindo suas habitações, seus estabelecimentos, sua capela e tirando do rio e do mar peixes e crustáceos para sua subsistência.

Distrito criado com a denominação de Nossa Senhora da Purificação e Santo Amaro, anteriormente a 1608.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Nossa Senhora da Purificação e Santo Amaro em 05-01-1727. Sede na antiga povoação de Nossa Senhora da Purificação e Santo Amaro. Instalada na mesma data.
Pela Lei Provincial n.º 43, de 13-03-1837, é elevado à condição de cidade com a denominação de Santo Amaro.
Pela Lei Provincial n.º 99, de 08-04-1839, é criado o distrito de Bom Jardim e anexado ao município de Santo Amaro.
Pela Lei Provincial n.º 1.159, de 29-04-1871, é criado o distrito de Rosário de Santo Amaro e anexado ao município de Santo Amaro.
Pela Lei Provincial n.º 1.619, de 04-07-1876, foram criados os distritos de Lustosa e Saubara e anexados ao município de Santo Amaro.
Em divisão territorial referente ao ano de 1911, o município aparece constituído de 7 distritos: Santo Amaro, Bom Jardim, Lustosa, Oliveira dos Campinhos, Rio Fundo, Rosário de Santo Amaro e Saúbara.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de I-IX-1920, o município aparece constituído de 7 distritos: Santo Amaro, Bom Jardim, Oliveira dos Campinhos, Nossa Senhora da Soledade de Lambari, Nossa Senhora do Rosário, Rio Fundo, Santana do Lustosa e Saubara.
Pela Lei Estadual n.º 1.919, de 13-08-1926, é criado o distrito de São Bento do Inhatá e anexado ao município de Santo Amaro.
Em divisão territorial referente ao ano de 1933, o município aparece constituído de 8 distritos: Santo Amaro, Bom Jardim, Oliveira dos Campinhos, Nossa Senhora do Rosário, Santana do Lustosa, São Bento do Inhatá, São Pedro do Rio Fundo e Saubara. Não figurando o distrito de Nossa Senhora da Soledade de Lambari.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1936 o município aparece constituído de 11 distritos: Santo Amaro, Aliança, Bom Jardim, Buracica, Jacu, Oliveira dos Campinhos, Rio Fundo, Rosário, Santana do Lustosa, São Bento do Inhatá, São Francisco e Saubara.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1937 o município aparece constituído de 13 distritos: Santo Amaro, Aliança, Bom Jardim, Buracica, Jacu, Lapa, Oliveira dos Campinhos, Rio Fundo, Rosário, Santana do Lustosa, São Bento do Inhatá, São Francisco e Saubara.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 11.089, de 30-11-1938, os distritos de Oliveira dos Campinhos e Santana do Lustosa tiveram seus nomes alterados, respectivamente, para Campinhos e Lustosa. Pelo mesmo Decreto-lei Estadual os distritos de Rosário e São Francisco foram reduzidos a zonas do distrito sede do município de Santo Amaro.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído de 11 distritos: Santo Amaro, Aliança, Bom Jardim, Buracica, Campinhos, Jacu, Lapa, Lustosa, Rio Fundo, São Bento do Inhatá e Saubara.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, retificado pelo Decreto Estadual n.º 12.978, de 01-06-1944, os distritos de Aliança, Bom Jardim, Lapa e São Bento do Inhatá tomaram a denominação, respectivamente, de Mata Aliança, Catuiçara, Traripe e Inhatá.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 11 distritos: Santo Amaro, Bom Jardim, Buracica, Campinhos, Catuiçara, Inhatá, Jacu, Lustosa, Mata da Aliança, Rio Fundo, Saubara e Traripe.
Pela Lei Estadual n.º 628, de 30-12-1953, foram criados os distritos de Acupe, Conceição do Jacuípe e Terra Boa e anexados ao município de Santo Amaro. Pela mesma Lei Estadual o distrito de Catuiçara tomou o nome de Barão de Bom Jardim.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 11 distritos: Santo Amaro, Acupe, Barão de Bom Jardim, Buracica, Campinhos, Conceição do Jacuípe, Inhatá, Jacu, Lustosa, Mata da Aliança, Rio Fundo, Saubara, Terra Boa e Traripe. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
A Lei Estadual n.º 1.531, de 20-10-1961 desmembra do município de Santo Amaro o distrito Conceição do Jacuípe, elevado à categoria de município.
A Lei Estadual n.º 1.532, de 20-10-1961 desmembra do município de Santo Amaro os distritos de Terra Boa, Jacu e Rio Fundo para constituírem o novo município de Terra Nova.
A Lei Estadual n.º 1.533, de 20-10-1961 desmembra do município de Santo Amaro os distritos de Traripe, Inhatá e Mata da Aliança para constituírem o novo município com a denominação de Amélia Rodrigues.
A Lei Estadual n.º 1.534, de 20-10-1961, desmembra do município de Santo Amaro os distritos de Barão de Bom Jardim, Buracica e Lustosa para constituírem o novo município com a denominação de Teodoro Sampaio.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 4 distritos: Santo Amaro, Acupe, Campinhos e Saubara. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
A Lei Estadual n.º 5.007, de 13-06-1989 desmembra do município de Santa Amaro o distrito de Saubara, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1993 o município é constituído de 3 distritos: Santo Amaro, Acupe e Campinhos.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2020.