O litoral paulista e a Ilha de São Vicente foram descobertos no início do ano de 1502, com a ilha sendo habitada poucos anos depois por elementos europeus. Desta ocupação espontânea surgiram dois pequenos núcleos urbanos, o primeiro; o Povoado de São Vicente, elevado a Vila, por Martim Afonso de Sousa, em 1532; o segundo: chamado Nova Povoação, fundado, por volta de 1540 por Brás Cubas, quando transferiu o porto que atendia a região, situado na Ponta da Praia, para o outro lado da ilha junto a um pequeno morro que foi chamado, depois, de Outeiro de Santa Catarina.
Brás Cubas fixou-se no Brasil, dedicando-se a várias atividades na Capitania de São Vicente, criada pelo Rei D. João III, em 1535, que a doou a Martim Afonso de Sousa.
Na ausência do donatário, eram designadas várias pessoas para governar a Capitania. Brás Cubas foi uma delas, nomeado em 8 de junho de 1545. Interessado em promover a Nova Povoação, Brás Cubas elevou-a à condição de vila, em data não conhecida, exatamente por falta de documentos. Sabe-se que tal fato deu-se entre 19 de junho de 1545 e 3 de janeiro de 1547. Lembre-se que a condição de vila, segundo as leis portuguesas, dava a esta o direito de ter Câmara Municipal, símbolos de autonomia como pelourinho, estandarte, território demarcado e foral. O título de cidade cabia à Capital, Lisboa; a núcleos urbanos importantes, como Porto, ou sedes de bispado, como Braga.
Recorde-se que a primeira cidade do Brasil foi a sua Capital, Salvador, fundada na Bahia, em 1549, por Tomé de Sousa, governador-geral. São Vicente foi a primeira vila e assim permaneceu até o final do século XIX.
A vila do Porto de Santos, depois simplesmente Vila de Santos, sendo o principal porto do litoral paulista, teve desenvolvimento acima das outras vilas litorâneas. Em sua história estão registradas a economia açucareira, a dispersão bandeirante e a época do café. Santos ficou famosa por ser pátria de uma plêiade de figuras notáveis: os Gusmões, José Feliciano Fernandes Pinheiro (Visconde de S. Leopoldo) e os irmãos Andradas. Foi por causa de um deles, José Bonifácio, o Patriarca da Independência, que a Assembleia Provincial (equivalente hoje à Assembleia Estadual) resolveu aprovar uma lei que elevava a Vila de Santos à condição de Cidade, assinada pelo presidente da Província de São Paulo, Venâncio José Lisboa, em 26 de janeiro de 1839.
Como vimos anteriormente à falta de uma data exata da elevação do Povoado de Santos a Vila, os governos municipais decidiram comemorar em 26 de janeiro o Dia da Cidade.
Muitas pessoas perguntam-se: 'Santos, em 1996, festejou 450 anos e agora, em 1998, comemorou 159?'. A escolha do ano de 1546 como o da elevação do Povoado a Vila foi, até certo ponto, política. O que não exclui a possibilidade, por um milagroso resgate, de se descobrir um documento com a data certa e que pode, até, ser 1546.
Em resumo, Santos passou pelas três fases de categorias urbanas. Povoado de Santos de, aproximadamente, 1540 até 1546, quando foi feita Vila, condição na qual permaneceu até 26 de janeiro de 1839. Assim, Santos manteve-se durante quase 300 anos. Em 26 de janeiro de 1998, festeja-se o Dia da Cidade. E os 452 anos? Ora, neles estão incluídos os 159 anos como Cidade.

Uma provisão de 1544, assinada por Ana Pimentel, nomeou Brás Cubas, Capitão-mor da Capitânia de São Vicente, que proclamou, em definitivo, a independência de Santos, dando-lhe foros de Vila a 1º de Novembro de 1546.
Distrito criado com a denominação de Santos em 1747.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Santos, pela Lei Provincial n.º 1, de 26-01-1839.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 1.871, 26-10-1922, foram criados os distritos de Cubatão e Guarujá e anexados ao município de Santos.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 3 distritos: Santos, Cubatão e Guarujá.
Pela Lei Estadual n.º 6.501, de 19-06-1934, desmembra do município de Santos o distrito de Guarujá. Elevado à categoria de município.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 2 distritos: Santos e Cubatão.
Assim permanecendo no quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, é criado o distrito de Bertioga e anexado ao município de Santos.
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, desmembra do município de Santos o distrito de Cubatão. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 2 distritos: Santos e Bertioga.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município permanece constituído de 2 distritos: Santos e Bertioga.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Pela Lei Estadual n.º 7.644, de 30-12-1991, desmembra de Santos o distrito de Bertioga. Elevado á categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.