São Borja nasceu a partir do desmembramento do município de Rio Pardo em 1887.
A Comarca em 1833, desmembrada de Rio Pardo É sem contestação o núcleo habitacional permanente mais antigo do território rio-grandense do sul. Até a derrocada em 1756, os Jesuítas incrementaram a pecuária extensiva, o artesanato, o cultivo da terra e deixaram o primeiro plano diretor do município.
Localizaram a cidade em local alto, afastado da margem do rio, longe das enchentes. Com a saída dos jesuítas estabeleceram-se grandes estâncias, predominando ainda a pecuária extensiva e a prática das queimadas nos campos nativos. Na ultima década do século XIX, com a vinda de imigrantes europeus intensificou-se a agricultura e o uso do arado no solo, expandindo a lavoura pelo campo nativo e partes das matas nativas. Em meados do século XX a lavoura de arroz então inexpressiva, toma impulso ocupando áreas de várzea e banhados.
Os primitivos habitantes deste território foram os indígenas, que deixaram um legado na cultura e na formação étnica.

Distrito criado com a denominação de São Francisco de Borja por Lei Provincial n.º 26, de 02-05-1846, e pelos Atos Municipais n.º 1, de 10-11-1891, e n.º 6, de 19-12-1902.
Elevado à categoria de vila com a denominação de São Francisco de Borja por Alvará de 13-10-1817. Instalado em 21-04-1834.
Elevado à condição de cidade com a denominação de São Borja pela Lei Provincial n.º 1.614, de 12-12-1887.
Por Ato Municipal n.º 1, de 10-10-1902, foram criados os distritos de Iguariaçá, Itacurubi, Camaquã e Garruchos e anexados ao município de São Borja.
Em divisão administrativa o município é constituído de 5 distritos: São Borja, Iguariaçá, Itacurubi, Camaquã e Garruchos.
Pelos Atos Municipais n.º 1, de 10-11-1891, e n.º 6, de 19-12-1902, é criado o distrito de Santo Antônio e anexado ao município de São Borja.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município é constituído de 6 distritos: São Borja, Camaquã, Garruchos, Iguariaçá, Itacurubi e Santo Antônio. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XIII-1937.
Pelo Decreto Estadual n.º 7.199, de 31-03-1938, o município se compõem de 2 distritos: São Borja e Garruchos sub-dividido em 3 zonas: São Borja, Itacumbi, Itaroquem Treze de Janeiro. Sob o mesmo Decreto, o distrito de Iguariaçá é extinto, sendo seu território anexado ao distrito sede do município de São Borja.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído de 2 distritos. Figurando por zonas: São Borja, Itacumbi, Itaroquém, Treze de Janeiro, São Borja e Garruchos.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948 o município é composto de 2 distritos: São Borja e Garruchos.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 720, de 29-12-1944, os distritos de Itacumbi, Itaroquém e Treze de Janeiro foram extintos, sendo seus territórios anexados ao distrito sede do município de São Borja.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955 o município é constituído de 2 distritos: São Borja e Garruchos. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Municipal n.º 976, de 22-10-1979, foram criados os distritos de Itacurubi e Rincão do Meio e anexado ao município de São Borja.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1983 o município é constituído de 4 distritos: São Borja, Garruchos, Itacurubi e Rincão do Meio. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
A Lei Estadual n.º 9.609, de 20-03-1992, desmembra do município de São Borja o distrito de Garruchos, elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 8.613, de 09-05-1988, desmembra do município de São Borja o distrito de Itacurubi, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1995 o município é constituído de 2 distritos: São Borja e Rincão do Meio.
Em divisão territorial datada de 2014 o município é constituído de 4 distritos: São Borja, Nhú-Porã, Samburá e Sarandi.