Segundo a tradição, o território do Município de São Fidélis era habitado, primitivamente, pelos índios coroados e puris.
A primeira incursão de colonizadores deu-se por volta de 1780, contando-se entre os pioneiros Ângelo Severo da Silva, Faustino Cabral, Pedro Dias, Luiz Coelho e um oficial de sapateiro, cujo nome não chegou até nossos dias. Sua história está, no entanto, ligada a do Município; esse operário fixou-se nas fraldas de uma serra, que posteriormente tomou o nome de Serra do Sapateiro. Reza ainda a tradição que esse pioneiro e seus dois filhos foram mortos pelos índios coroados, sendo poupada apenas sua filha, levada para as tabas. Por essa época havia na região somente moradias esparsas de colonos.
Em relato de Monsenhor Pizarro, em suas Memórias Históricas que os próprios indígenas tentaram aproximação solicitando envio de um sacerdote para sua aldeia.
Foi assim que, interessando-se pela vida local, o vice-rei tomou as primeiras providências para que ali se erguesse uma grande aldeia para os indígenas. Foram incumbidos dessa missão os frades capuchinhos Frei Vitório de Cambiasca e Frei Ângelo Maria de Luca que chegaram às terras do atual Município de Campos em 14 de setembro de 1781.
Partiram dali os frades capuchinhos à procura de local apropriado para o aldeamento, tendo atingido, no dia 27, um sítio conhecido por Gamboa, onde encontraram boa acolhida por parte dos índios coroados. Exatamente nesse local, ergue-se hoje a cidade de São Fidélis, em região fronteira ao rio Paraíba.
No dia seguinte à chegada dos frades, foi celebrada a primeira missa em oratório improvisado, depois transformado em capela, dedicada ao culto de São Fidélis de Sigmaringa. E, apenas oito anos passados, a povoação florescia, impondo-se a construção de um templo. A 8 de setembro de 1799, foi lançada a pedra fundamental da igreja, tendo sido inaugurada a 23 de abril de 1808. Ê essa igreja a atual Matriz de São Fidélis.
Em 1812 a localidade recebeu o predicamento de curato e em 1838, já ali existindo um Juiz de Paz, participava da Junta de Paz dos Campos de Goitacazes, criada pela Deliberação de 13 de outubro.
Em virtude do grande desenvolvimento da agricultura, ao lado da exploração da madeira de lei, o povoado progrediu rapidamente, sendo elevado à categoria de freguesia em 1840.
Em 1847, a 12 de abril, recebeu a visita do Imperador D. Pedro II em casa do coronel João Manoel de Souza, mais tarde Barão de Vila-Flor. É do historiador Inácio Raposo o relato que se segue: 'Numa visita que dispensara o monarca às obras que se faziam no zimbório da majestosa igreja de São Fidélis, disse o futuro Barão de Vila-Flor ao ilustre soberano que admirava as belezas do Paraíba: - Que linda povoação é esta para uma vila! O imperador sorriu discretamente e respondeu-lhe: Será!

Freguesia criada com a denominação de São Fidélis de Sigmaringa, por Lei Provincial n.° 177, de 02-04-1840, no município de Campos atual Campos dos Goitacazes, bem assim os Decretos Estaduais n.ºs 1, de 08-05-1892 e 1-A, de 03-06-1892.
Elevado à categoria de vila com a denominação de São Fidélis de Sigmaringa, pela Lei Provincial n.° 503 de 19-04-1850, desmembrado de Campos. Constituído do distrito sede. Instalado em 05-03-1855.
Pelo Decreto Provincial n.º 1.288, de 24-12-1864 e Decretos Estaduais n.ºs 1, de 08-05-1892 e 1-A, de 03-06-1892, é criado o distrito de Ponte Nova e anexado a vila de São Fidélis de Sigmaringa.
Elevada à condição de cidade e sede com a denominação de São Fidélis, pelo Decreto-lei n.º 1.533, de 03-12-1870.
Pelo Decreto n.° 140, de 28-10-1890, foi elevado o povoado de São José de Leonissa à município com a denominação de Itaocara, sendo o território desmembrado do de São Fidélis.
Pela deliberação de 29-10-1890, foram criados os distritos de Cambuci, Dois Rios, Ipuca, Nova e Timbó.
Pelo Decreto Estadual n.º 222, de 06-05-1891, é desmembrado do município de São Fidélis o distrito de Cambuci. Elevado à categoria de vila.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município era formado por 5 distritos: São Fidélis, Dois Rios, Ipuca, Ponte Nova e Timbó.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-Xll-1936 e 31-Xll-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 392-A, de 31-12-1938, o distrito de Dois Rios passou a denominar-se Colônia.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 641, de 15-11-1938, o distrito de Timbó passou a denominar-se Pureza.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município de São Fidélis é constituído de 5 distritos: São Fidélis, Colônia (ex-Dois Rios), Ipuca, Ponte Nova e Pureza (ex-Timbó).
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.056, de 31-12-1943, o distrito de Ponte Nova passou a denominar-se Cambiasca.
Em divisão territorial datada de 1-Vll-1960, o município de São Fidélis figura com 5 distritos: São Fidélis, Cambiasca (ex-Ponte Nova), Colônia, Ipuca e Pureza.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2023.