Antes dos portugueses os franceses foram os primeiros a chegar no antigo município de São Francisco do Sul, a primeira cidade de Santa Catarina.
São Francisco do Sul foi descoberto pelos europeus pouco depois da ‘descoberta’ do Brasil.
A primeira expedição de europeus que aportou em São Francisco do Sul, foi pelo navegador francês Binot Palmier de Gonneville, em 4 de janeiro de 1504, e ali permaneceu até 3 de julho do mesmo ano. O navegador francês levou consigo para a Europa o filho do cacique dos Carijós, mediante a promessa de educá-lo no manejo das armas, e fazê-lo voltar à terra natal após 20 luas, época em que se daria o regresso da expedição. Sabe-se entretanto que o nobre navegador francês viu-se impossibilitado de cumprir a palavra ao cacique Arosca, o auge não impediu de dar ao índio “Iça-Mirim”, uma educação à altura da casa que o hospedava na França e, em 1521, com 31 anos de idade o jovem desposou Susane, filha de Binot Palmeir de Gonneville, tornando-se desta forma, tronco de uma nobre família franco- carijó. Alguns decênios depois, os espanhóis fundaram uma povoação, no mesmo local antes visitado pelos franceses. Durou apenas dois anos (1553 à 1555) a sua permanência na ilha. Mas foi então que lá nasceu o ilustre Frei Fernando Trejo y Sanabria, bispo de Tucuman, fundador da Universidade de Córdoba, na Argentina, uma das mais antigas das Américas.
São Francisco do Sul, conforme sua história assinala, é a primeira povoação de Santa Catarina, e sua fundação ocorreu em 1847, onde o “pelourinho” do povoado foi erguido em 1649. Sua igreja Matriz, Nossa Senhora da Graça, data de 1650, e em 1658, a ainda pequena comunidade foi elevada à categoria de vila.
Nas ruas estreitas, no casario secular, predomina a arquitetura ibero-açoriana (a exceção é a estação da estrada de ferro que ainda tem influência da colonização alemã, tão marcante em outras cidades de Santa Catarina).
São Francisco do Sul orgulhava-se de sua igreja, e de outros monumentos históricos, como as antigas instalações do Forte Marechal Luz, o Farol da ilha da Paz, as ruínas do Forte do Cabecinha, e de possuir um dos mais antigos portos do País.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Nossa Senhora da Graça do Rio São Francisco, em 1660.
Elevado à condição de cidade, por Lei Provincial n.º 239, de 15-04-1847.
Pela Lei Provincial n.º 302, de 05-04-1650, é criado o distrito de Sahy e anexado ao município de Nossa Senhora da Graça do Rio São Francisco.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município já denominado São Francisco, é constituído de 2 distritos: São Francisco e Sahy.
Pela Lei Municipal n.º 222, de 22-10-1921, é criado o distrito de Palmital e anexado ao município de São Francisco.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 3 distritos: São Francisco, Palmital e Sai ex-Sahy.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 86, de 31-03-1938, o município de São Francisco passou a denominar-se São Francisco do Sul.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 238, de 01-12-1938, o município de São Francisco do Sul, voltou a denominar-se São Francisco.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município de São Francisco é constituído de 3 distritos: São Francisco, Palmital e Sai.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 941, de 31-12-1943, o município de São Francisco voltou a denominar-se São Francisco do Sul, e o distrito de Palmital a denominar-se Garuva.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 3 distritos: São Francisco do Sul Garuva e Saí.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: São Francisco do Sul, Garuva e Saí.
Pela Lei Municipal n.º 23, de 04-12-1963, é criado o distrito de Ubatuba e anexado município de São Francisco do Sul.
Pela Lei Estadual n.º 953, de 20-12-1963, é desmembrado do município de São Francisco do Sul o distrito de Garuva. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: São Francisco do Sul, Saí e Ubatuba.
Em 01/01/1980 é instalado o distrito de Ubatuba, desmembrado do município de São Francisco. Em 18/03/1991, esse distrito é extinto.
Em divisão territorial datada de 15-VII-1999, o município é constituído de 2 distritos: São Francisco do Sul e Sai.
Assim permanecendo em divisão territorial de 2020.