No passado, o território do Rio Grande do Norte era ocupado por tribos indígenas – os potiguares e os cariris, que faziam parte da nação tupi. Na área de São Gonçalo do Amarante estavam instalados os índios potiguares que em tupi-guarani significa comedores de camarão. Dessa tribo se destaca o índio Poti, também conhecido por Felipe Camarão, que nasceu na tribo de Extremoz onde atualmente está localizada a cidade de mesmo nome.
A primeira penetração no território de São Gonçalo do Amarante aconteceu provavelmente no século XVII, pois segundo registros, há afinidade entre aqueles que construíram a expedição de Jerônimo de Albuquerque, quando este conquistou o Rio Grande do Norte, e a chegada dos portugueses nos limites do município. Além da origem genética dos índios potiguares, os sãogonçalenses ainda têm influências dos povos europeus (portugueses, franceses, holandeses e espanhóis).
A história do processo de emancipação política de São Gonçalo do Amarante foi atribulada, chegando o município várias vezes a perder sua soberania. A criação do município aconteceu em 11 de abril de 1833 durante o governo de Manoel Lobo de Miranda Henrique, que possuía laços de parentesco com famílias de São Gonçalo.
Em 1856, no governo de Antônio Bernardes de Passos, a doença “cólera-morbo” tornou-se uma epidemia e matou 171 pessoas em São Gonçalo do Amarante. Diante desse fato a vila ficou completamente decadente e devastada.
Por volta de 1868 o lugar foi incorporado ao município de Natal perdendo sua autonomia, de acordo com uma lei assinada pelo governador da província Gustavo Augusto de Sá. A vila só seria novamente levada à condição de município em 1874 no governo de João Capistrano Bandeira de Melo Filho.
Em novembro de 1879, mais um golpe era aplicado ao povo de São Gonçalo, que nesse ano foi transferido para a vila de Macaíba (antigo Cuité). Com a proclamação da República do Brasil, o vice-presidente José Inácio Fernandes Barros desmembrou São Gonçalo do Amarante de Macaíba, através de um decreto datado de 1890. Em 1938 a antiga vila de São Gonçalo era elevada à condição de cidade.
Decorrido mais de meio século, por causa de um novo decreto de 1943, São Gonçalo perdeu novamente a sua soberania, tendo parte das terras transferidas para a vila de São Paulo do Potengi e a outra parte doada ao território de Macaíba.
A emancipação definitiva só veio acontecer em 11 de dezembro de 1958.

Distrito criado com a denominação de Felipe Camarão pelo Decreto-lei Estadual n.º 268, de 30-12-1943, criado com terras do extinto município de São Gonçalo, subordinado ao município de Macaíba.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o distrito de Felipe Camarão, figura no município de Macaíba. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.
Elevado à categoria de município com a denominação de São Gonçalo do Amarante, pela Lei Estadual n.º 2.324, de 11-12-1958, sendo desmembrado do município de Macaíba. Sede no atual distrito de São Gonçalo do Amarante. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1959.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município de São Gonçalo do Amarante é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.