Em 1676 o povoado foi elevado à categoria de Vila e a economia girava em torno da pesca, criação de gado e o início da cultura da cana. Por essa época foram abertas a rua da Boa Vista e a rua do Caminho Grande.
Já no século XVIII, o transporte fluvial ganha força devido o escoamento da produção açucareira para Salvador, Bahia.
O crescimento do porto acarretou desenvolvimento urbanístico da Vila, aumentando a população. Novas ruas foram abertas, entre elas a rua do Rosário, a rua de São Benedito (atual rua dos Passos), rua Sacramento e a rua da Banca. Melhorias na Igreja Matriz e na Casa da Câmara e Cadeia Pública também aconteceram neste período.
No início do século XIX, quando a Família Real se mudou para o Brasil, São João da Barra, que já se dedicava ao comércio, passou a suprir as necessidades da Corte. O comércio se intensificou e, consequentemente, as condições financeiras dos habitantes.
O desenvolvimento fez com que, em 17 de junho de 1850, o imperador Dom Pedro II elavasse a Vila de São Pedro da Praia à categoria de Cidade, denominando-a São João da Barra. Foram inauguradas a Santa Casa de Misericórdia, a Usina de Barcelos, a Companhia de Navegação, a Companhia Agrícola, a Companhia de Cabotagem, a Sociedade Musical e Carnavalesca Lira de Ouro, a Banda Musical União dos Operários e a Sociedade Beneficente dos Artistas.
No início do século XX, os problemas de assoreamento da foz do rio Paraíba do Sul se intensificaram, forçando a venda da Companhia de Navegação, que já enfrentava problemas com a competição gerada pela abertura da navegação a navios estrangeiros. São João da Barra entrou em decadência e só não foi total, devido ao surgimento da Industria de Bebidas Joaquim Thomaz de Aquino Filho.
No final da década de 1970, a cidade voltou a prosperar com a descoberta do Petróleo, recebendo royalties por ser município limítrofe aos campos produtores de petróleo, tornando-se definitivamente produtor a partir do ano de 2000 e agora, promete ainda mais desenvolvimento com a construção do Porto do Açu.

Freguesia criada com a denominação de Paraíba do Sul, por Alvará de 02-01-1756 e por Decreto Estaduais n.ºs 1, de 08-05-1892 e 1-A, de 03-06-1892. Posteriormente tomou a denominação de São João da Praia.
Pela Carta da Lei de 31-08-1832, transfere a Freguesia de São João da Praia província do Rio de Janeiro.
Elevado à categoria de vila com a denominação de São João da Barra pelo Decreto de 15-01-1833. Instalada em 15-04-1833.
Elevado à condição de cidade com a denominação de São João da Barra pela Lei Provincial n.º 534, de 17-06-1850.
Pelo Decreto Provincial n.º 936, de 05-11-1856 e por Decretos Estaduais n.ºs 1, de 08-05-1892 e 1-A, de 03-06-1892, é criado o distrito de Barra Sêca e anexado ao município de São João da Barra.
Pelo Decreto Provincial n.º 989, de 15-10-1857 e por Decretos Estaduais n.ºs 1, de 08-05-1892 e 1-A, de 03-06-1892, é criado o distrito de São Sebastião de Itabapoana e anexado ao município de São João da Barra.
Pela Lei Provincial n.º 1.951, de 20-11-1873, é criado o distrito de Itaí e anexado ao município de São João da Barra.
Pelo Decreto Provincial n.º 2.006, de 08-05-1874 e por Decretos Estaduais n.ºs 1, de 08-05-1892 e 1-A, de 03-06-1892, é criado o distrito de São Luís Gonzaga e anexado ao município de Barra de São João.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 5 distritos: São João da Barra, Barra Seca, Itaí, São Luiz Gonzaga e São Sebastião de Itabapoana.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município de Barra de São João aparece constituído de 5 distritos: Barra de São João, Amparo do Itaí (ex-Itaí), Barra Seca, Itabapoana (ex-São Sebastião de Itabapoana), São Luis Gonzaga.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-Xll-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 392-A, de 31-12-1938, o distrito de Amparo do Itaí passou a denominar-se Pipeiras.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 5 distritos: São João da Barra, Barra Seca, Itabapoana, Pipeiras (ex-Amparo do Itaí), São Luis Gonzaga.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.056, de 31-12-1943, o distrito de São Luís Gonzaga passou a denominar-se Maniva.
Em divisão territorial datada de I-VII-1950, o município é constituído de 5 distritos: Barra de São João, Barra de Seca, Itabapoana, Maniva ex-São Luís Gonzaga e Pipeiras.
Pelo Decreto Legítimo n.º 78, de 12-06-1958, é criado o distrito de Barcelos e anexado ao município de São João da Barra.
Em divisão territorial datada de I-VII-1960, o município é constituído de 6 distritos: São João da Barra, Barcelos, Barra Seca, Itabapoana, Maniva e Pipeiras.
Assim permanecendo em “Síntese” de 31-XII-1994.
Pela Lei Estadual n.º 2.379, de 10-01-1995, são desmembrados de São João da Barra os distritos de Itabapoana, Maniva e Barra Seca, para formar o novo município com a denominação de São Francisco de Itabapoana.
Em divisão territorial datada de 15-VII-1997, o município é constituído de 3 distritos: São João da Barra, Barcelos e Pipeiras.
Em divisão territorial datada de 2014, o município é constituído de 6 distritos: São João da Barra, Atafona, Barcelos, Cajueiro, Grussaí e Pipeiras.