Fundada em 24 de junho de 1821, por Antônio Machado de Oliveira e os cunhados Inácio Cândido e Francisco Cândido, vindos de Itajubá, cidade de Minas Gerais, chegando à região às vésperas do dia em que se comemorava o culto a São João Batista, o que deu origem ao nome da cidade.
Contudo, em fato da cidade ter sido iniciada nos terrenos da Fazenda Boa Vista, de propriedade do Padre João Ramalho, recebeu assim o complemento “da Boa Vista”. Antônio Machado, um dos fundadores, doou um terreno para a futura povoação do local, dando origem à atual São João da Boa Vista.
O principal idealizador do perfil econômico de São João da Boa Vista foi o Cônego João Ramalho, de nacionalidade portuguesa e que chegou ao Brasil no ano de 1800.
Foi o Cônego quem projetou a localidade de São João da Boa Vista, depois de um contato com o lavrador Antônio Machado, que doou o terreno para o nascimento da cidade.
O projeto de João Ramalho era irradiar o progresso para toda a região a partir de São João da Boa Vista, explorando atividades agro-pecuárias, industriais e rurais como monjolos, moinhos, engenhos de serra e de cana-de-açúcar.
A partir do início dessas atividades, outras proliferaram, dando origem ao comércio local para a venda dos produtos que eram produzidos nas lavouras.
A primeira missa celebrada na cidade foi em 24 de junho de 1824, sendo que, no mesmo ano, houve a realização da primeira eleição para escolha do administrador da Freguesia, em Assembléia Paroquial, na qual foi escolhido o Padre João José Vieira Ramalho, que morava em Mogi-Mirim.
Já na segunda assembléia, 22 anos após, em 1846, o Padre João Ramalho novamente obteve a maioria dos votos, prosseguindo assim o seu trabalho pela cidade, dividindo em quarteirões e fazendo a distribuição de terras, provocando uma revolta nos moradores da região norte, onde se localiza a Capelinha, sendo que este descontentamento aumentou quando planejavam a construção da Igreja Matriz, início de 1848. Após cinco anos, em 1853, foi inaugurada a Igreja Matriz, onde foi realizada uma missa solene, celebrada pelo Padre João Ramalho que, no meio da celebração, caiu desfalecido e morreu.
O cônego João Ramalho projetou a localidade para ser o ponto de irradiação do progresso para todo o território a ser explorado e aproveitado com culturas, pastagens, indústrias rurais, tais como monjolos, moinhos, engenhos de serra e de cana, de que necessitam as propriedades agrícolas.
Para transporte e cargas, eram usados os muares e cavalos e os carros de boi, as caleças, liteiras ou banguês, em grandes fazendas. Os troles somente apareceram bem mais tarde.
Entretanto, mesmo sem melhoramentos públicos, que a municipalidade não podia executar por não ter recursos e nem rendas para enfrentá-los, e que dependiam ainda de consignação de verba do orçamento anual e de aprovação da Assembléia Provincial, a vila e o município iam progredindo, graças à exuberância de suas terras, intensamente procuras para lavoura de café, cana-de-açúcar, fumo e cereais.
Em 24 de abril de 1880, São João recebe a emancipação política e é elevada a município. Nessa época, o município compreendia as vilas de Aguaí, Águas da Prata e Vargem Grande do Sul que, com o passar do tempo, também foram se emancipando.

Distrito criado com a denominação de São João da Boa Vista pela Lei Provincial n.º 17, de 28-02-1838.
Elevado à categoria de vila com a denominação de São João da Boa Vista pela Lei Provincial n.º 12, de 24-03-1859, sendo desmembrada do município de Mogi-Mirim. Instalada em 07-09- 1859.
Elevado à categoria de cidade e sede municipal com a denominação de São João da Boa Vista pela Lei Provincial n.º 81, de 21-04-1880.
Pela Lei Provincial n.º 14, de 18-02-1888, é criado o distrito de Vargem Grande e anexado ao município de São João da Boa Vista.
Pela Lei Estadual n.º 584, de 04-08-1898, é criado o distrito Cascavel e anexado ao município de São João da Boa Vista.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município de São João da Boa Vista é constituído de 3 distritos: São João da Boa Vista, Vargem Grande e Cascavel.
A Lei Estadual n.º 1.804, de 01 de dezembro de 1921, desmembra de São João da Boa Vista o distrito de Vargem Grande, elevado à categoria de município com a denominação de Vargem Grande do Sul.
Pela Lei Estadual n.º 2.093, de 23-12-1925, é criado o distrito de Estância Hidromineral de Águas da Prata, subordinado ao município de São João da Boa Vista.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município de São João da Boa Vista é constituído de 3 distritos: São João da Boa Vista, Águas da Prata e Cascavel.
A Lei Estadual n.º 7.277, de 03-07-1935, desmembra de São João da Boa Vista o distrito de Estância de Hidromineral de Águas da Prata. Elevado à categoria de município com a denominação de Águas de Prata.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937 o município é constituído de 2 distritos: São João da Boa Vista e Cascavel.
O Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, desmembra de São João da Boa Vista o distrito de Cascavel. Elevado à categoria de município com a denominação de Aguaí.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído do distrito sede.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município permanece constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.